Были допущены просчеты и в строительстве ВВС. Распыление авиационных частей и соединений между РГК, фронтами, армиями и корпусами противоречило выработанным научным концепциям их массированного применения. Имелись и другие недостатки, такие как слабое знание руководящим составом Красной армии опыта применения авиации в начальном периоде войны; низкая техническая готовность самолетов; оснащение авиационных соединений и частей авиатехникой с устаревшими тягами машин; недостаточно быстрые темпы переучивания личного состава и освоения им новых образцов самолетостроения; скученное базирование авиации; слабое прикрытие аэродромов от ударов с воздуха; отсутствие авиационных резервов; наличие большого количества неисправных самолетов.
Противовоздушной обороне страны, ее укреплению было уделено явно недостаточное внимание, выразившееся в недостаточном количестве вооружения и боевой техники. Не было создано единой системы управления ПВО. Слабой оставалась и организация боевого дежурства.
Существенное место в боеспособности вооруженных сил принадлежит их стратегическому развертыванию перед войной. Степень стратегического развертывания вооруженных сил является концентрированным выражением их готовности организованно вступить в войну, реализовать заложенную в них боеспособность в решение задач, поставленных перед ними накануне и в ходе начавшейся войны. Своевременность и полнота проведения всех мероприятий по стратегическому развертыванию вооруженных сил обеспечивает успех их действий, особенно в начале войны, в ее первых операциях.
Решение проблемы стратегического развертывания и использования Вооруженных сил являлось наиболее сложным во всей системе подготовки к войне. Главный вопрос, который определял весь характер развертывания и использования Вооруженных сил, заключался в четком определении вида стратегических действии с началом войны.
В основу всех оперативно-стратегических планов была заложена идея отражения нападения агрессора, а затем перехода в мощное контрнаступление и завершение разгрома противника на его территории. Данная концепция требовала от Генерального штаба исключительной четкости в планировании, глубокого научного предвидения характера войны и особенно се начального периода, высокой бдительности в отношении намерений вероятного противника и поддержания постоянной боевой готовности войск. Однако достаточно четкой системы планирования в этот сложный период добиться не удалось.
Оперативные планы были рассчитаны на отмобилизование и приведение в полную боевую готовность первого стратегического эшелона в течение двух недель с момента начала войны. После этого предусматривался мощный ответный удар с целью отражения вторжения противника и перенесения боевых действий на его территорию.
Это мнение Наркомата обороны и Генерального штаба в теоретическом плане было явно устаревшим, а на практике не соответствовало реально сложившейся обстановке. Главные силы противника оказались полностью отмобилизованными, развернутыми и готовыми по получении приказа начать вторжение, в то время как на приведение Красной армии в полную боевую готовность требовалось определенное время. Войскам и командному составу вермахта были поставлены конкретные задачи, какого противника (соединения, части), в каком месте, к какому времени разгромить (окружить, уничтожить), какой местностью овладеть и т. п. В этом заключалось кардинальное отличие процесса стратегического развертывания группировок войск Германии и ее союзников, предназначенных для вторжения на территорию СССР, от аналогичного процесса в Красной армии.
Советское командование не учитывало, что противник сможет достичь большого превосходства в силах и средствах и в короткие сроки нанесет поражение армиям прикрытия. В планах советского командования не учитывалась возможность захвата противником стратегической инициативы, ведения войсками первого стратегического эшелона длительной обороны и отхода их на глубину 300–500 км. Замысел на стратегическое развертывание Вооруженных сил и построение оперативных группировок войск на Западном стратегическом направлении в большей мере отражал наступательные цели. В силу этого нанесение главного контрудара было спланировано по наиболее слабой группировке войск противника.
В Наркомате обороны и Генеральном штабе в предвоенный период не было четкого понимания сущности и содержания начального периода надвигающейся войны и вероятных способов ее развязывания. По существу, нерешенными оказались проблемы построения обороны в оперативно-стратегическом масштабе при отражении наступления крупных масс пехоты и танков. Планирующие документы практически не основывались на фактических данных, которыми располагал Генеральный штаб. Оперативно-стратегические расчеты и замыслы зачастую отрабатывались без учета реальной обстановки. Выводы из ее анализа подгонялись под указания сверху. Вместо аналитической работы Наркомат обороны и Генеральный штаб занимались составлением боевых документов с учетом субъективного мнения одного лица.