Возрождение принципов Гиппократа началось в XVI веке, одновременно с возрождением европейской цивилизации. Вначале усилия врачей не имели какой-то определенной, конкретной цели. Временами появлялся независимый мыслитель, восстававший против древних авторитетов, и делал для себя верные наблюдения. Тон в этом бунте задал Парацельс, но схоластика и обскурантизм того времени так слепили глаза, что и сам Парацельс впал в те же заблуждения, против которых так яростно выступал. Он был врачом, жаждавшим истины, но жил в эпоху, когда малейшее отступление с проторенной авторитетами дороги считалось тяжкой ересью, за которую можно было заживо сгореть на костре. Тем не менее он храбро выступил за право самостоятельно наблюдать факты и за право на индивидуальное суждение. Чтобы показать свое отношение к древним догмам, он публично сжег труды Галена и Авиценны. Но полностью уйти от интеллектуальной традиции своего времени он не смог, и многие его наблюдения затушеваны фантастическими спекуляциями. Сочинения Парацельса чаще всего цитируют в связи с мистикой, а не в связи с медициной. Но пример его смелости вдохновил других врачей на самостоятельные размышления над медицинскими проблемами.
Из этой вновь обретенной независимости мышления возродился дух науки, стремление к поиску фактов и тщательному наблюдению. В XVI веке во главе этого движения оказался Андрей Везалий. Он первым начал систематически выполнять анатомические вскрытия и тщательно зарисовывал препараты. В этот период в Европе были впервые переведены сочинения Гиппократа. Паре снова ввел в хирургию наложение лигатуры, а в акушерство поворот на ножку. Был напечатан учебник для повитух, первая книга такого рода за тринадцать столетий.
В XVII веке несколько талантливых ученых настолько прониклись научным духом, что начали проводить опыты для доказательства фактов и их взаимодействий. Главным достижением этого периода было открытие кровообращения Вильямом Гарвеем, но даже его гений и выдающиеся способности к постановке экспериментов с большим трудом преодолели упорную, характерную для того времени, веру в теории Галена.
В начале XVIII века врачи уже обладали знанием об общем строении тела и о работе некоторых жизненно важных органов. Благодаря счастливой случайности были открыты некоторые важные лекарства – например, хинин для лечения малярии и ртуть для лечения сифилиса. Но медицина той эпохи еще не освободилась от обскурантизма. Не было реального понимания того, что такое болезни и какие причины их вызывают. Вместо того чтобы вернуться к простым принципам Гиппократа, то есть к тщательному наблюдению, врачи в большинстве своем продолжали отвлеченно рассуждать о причинах болезней и лечить больных в соответствии с теориями, созданными на основании схоластических спекуляций.
В начале XVIII века первым врачом, полностью возродившим принципы Гиппократа, стал человек по имени Морганьи. Как Гиппократ благодаря тщательным наблюдениям и непредвзятым суждениям мог различать болезни по их внешним проявлениям, так Морганьи, с помощью тщательного наблюдения и суждения, смог показать патологические изменения во внутренних органах. Гиппократ различал воспаление легких и туберкулез по разнице в сочетаниях симптомов. Морганьи, со своей стороны, продемонстрировал природу телесных повреждений, то есть саму болезнь, которая порождает внешние симптомы. Морганьи наблюдал и записывал симптомы своих больных, а потом производил посмертные вскрытия, чтобы обнаружить изменения внутренних органов, порождавшие симптомы. Таким образом, он показал, что определенное патологическое состояние приводит к вполне определенным симптомам. После этого стало возможным по симптомам судить о локализации внутри организма патологического процесса и степени его выраженности. Установленный Морганьи принцип стал основой всей клинической медицины.
В XVIII веке под влиянием возродившегося научного духа начала обретать контуры современная медицина. Работы Морганьи стали первым шагом на пути прогресса; вскоре последовало одно из величайших медицинских открытий – вакцинация против оспы. В то время короче и лучше всех суть принципов Гиппократа высказал Джон Гунтер. Когда Дженнер сказал ему, что полагает возможной профилактику оспы путем вакцинации, Гунтер сказал молодому коллеге: «Не раздумывайте, пробуйте; будьте терпеливы и точны».