Здесь образованный церковник повел ожесточенную борьбу с еретичеством. Это было тем более актуально, что еретичество проникло уже и в первопрестольную, — среди них самой заметной фигурой был дьяк Федор Курицын. Ему и другим еретикам покровительствовала мать наследника трона Дмитрия Елена Волошанка. Вольнолюбивый дьяк критиковал монашество и высказывал мысль о свободе воли.
Но в ту пору Иван III, боясь скомпрометировать наследника престола, поддерживал еретиков. Однако победа воинствующих церковников на Соборе 1503 г. и заточение в тюрьму Дмитрия и его матери предрешили судьбу еретиков. По решению Собора 1504 г. некоторые из еретиков были сожжены на льду Москвы-реки.
Но был вопрос, пожалуй, еще более болезненный для Церкви, — секуляризация церковных земель. Ученик известного старца Кирилло-Белозерского монастыря Паисия Ярославова Нил Сорский, побывав на Афоне, стал сторонником «нестяжания» Церкви.
Основав скит на реке Сорке в окрестностях Кирилло-Белозерского монастыря, он стал развивать свое учение, одним из элементов которого была мысль о необходимости ликвидации монастырского землевладения. Другой подвижник Русской Церкви Иосиф Санин — настоятель Волоколамского монастыря, наоборот, настаивал на необходимости для Церкви иметь большие материальные средства.
Между иосифлянами и нестяжателями развернулась борьба, которая продолжалась до середины XVI в. Великокняжеская власть поддерживала нестяжателей. Однако Церковный собор 1503 г. решительно отверг проекты секуляризации монастырского землевладения.
Впрочем, это не означало падения нестяжателей, и Василий в первый период своего правления поддержал их. В это время большую роль в нестяжательской «партии» стал играть Вассиан Патрикеев, который в отличие от своего учителя Нила был прекрасным политиком. Старцы заволжских монастырей (именно там географически сосредоточилось нестяжательство) стали пополнять «кадровые» верхи Церкви. В 1511 г. митрополитом стал близкий к нестяжателям симоновский архимандрит Варлаам, который перевел Патрикеева из Кирилло-Белозерского монастыря в свою московскую обитель. Вскоре он стал одним из самых влиятельных людей при дворе. Между ним и Иосифом Волоцким возникли жаркие споры о судьбах церковного землевладения.
Особый колорит внутрицерковной борьбе придавало участие в ней греков. С Афона для помощи в переписывании церковных книг прибыл Максим Грек, который долго не вмешивался в церковные распри, но в 1522 г. он подверг критике процедуру избрания московского митрополита Даниила, что и изменило отношение к нему властей. Таким образом, внутрицерковный конфликт осложнился борьбой за автокефалию и против нее — ведь Максим Грек хотел вернуть Русскую Церковь в лоно греческой. В этой ситуации великокняжеская власть сделала свой выбор: поддержала сильную ортодоксальную Церковь. Это не замедлило сказаться: митрополит Даниил в 1531 г. добился суда над Вассианом Патрикеевым и повторного «розыска о провинностях» Максима Грека. Вассиана заточили в Иосифо-Волоколамский монастырь, а Максима Грека — в тверской Отроч монастырь.
Итак, сила великокняжеской власти при Иване значительно возросла. Усилению власти способствовал и субъективный фактор — личность Ивана III. «Не романтическое вдохновение, а трезвый расчет, не сердечные влечения, а работа ума руководили им в главном деле его жизни — возрождении единства и независимости Русской земли. В психологическом облике первого государя всея Руси на первый план выступают такие черты, как осмотрительность, проницательность и дальновидность в сочетании с широким кругозором…», — пишет Ю. Г. Алексеев.
Еще сильнее власть стала при Василии III. Последнего обвиняли в том, что он, «…запершыся, сам-третей у постели всякие дела решает». Однако, объективно говоря, московская великокняжеская власть перерастает в самодержавную только уже в следующий период.
Дело в том, что, по мысли В. Б. Кобрина, «быстрота, с которой произошло политическое объединение русских земель, привела к тому, что старое, связанное с удельными временами, оказывалось живучим и причудливо переплеталось с новым, общегосударственным». Того же Василия III Иосиф Волоцкий называл «всея Русские земля государем государь». В трудах А. А. Зимина, В. Б. Кобрина, М. Е. Бычковой и др. начато внимательное изучение постепенного и последовательного ограничения власти ранее независимых князей, превращения их княжеских прав в вотчинные.