В конце 1540 — начале 1550-х гг. реформы были продолжены. Их обычно связывают с деятельностью так называемой Избранной Рады — кружка близких царю людей, среди которых был незнатный дворянин Алексей Федорович Адашев и священник придворного Благовещенского собора Сильвестр. Влияние на политику правительства оказывал и глава Церкви митрополит Макарий. В последнее время, впрочем, некоторые исследователи перестали говорить о группе людей, делая упор лишь на Адашеве. Название же кружка совершенно условно — так назвал его на польско-литовский манер князь Андрей Курбский, русский военачальник, бежавший позже в Литву, в одном из своих писем Ивану Грозному.
Была продолжена губная реформа Елены Глинской. Дворяне должны были избирать в каждом уезде, где было введено губное управление, из своей среды губных старост. Им поручили борьбу с наиболее опасными для государства преступлениями — «разбоями». До середины 1550-х гг. на местах существовала система «кормлений». Кормленщики получали за прежнюю службу на один — три года в управление города и волости. Они были обязаны за свой счет содержать аппарат управления и воинские силы для поддержания порядка. За это им шли налоги с местного населения. Система кормлений вела к массовым злоупотреблениям и жалобам населения. Когда в 1556 г. были отменены кормления (население теперь должно было платить общегосударственный налог — «кормленичий окуп»), то губные старосты вместе с городовыми приказчиками возглавили уездную администрацию. Выборные власти были и в тех уездах, где не было частного землевладения. Здесь из зажиточных слоев черносошного населения выбирались земские старосты, бывшие во многом «мирской властью». Земская реформа наряду с черносошными землями затронула и город, где тоже (из зажиточного посадского населения) выбирались земские старосты.
Губные и земские старосты в отличие от кормленщиков — пришлых людей — действовали в интересах и на пользу своих уездов, городов и общин. Наиболее полно местные реформы были осуществлены на Севере. Н. Е. Носов связывал земскую реформу с зарождением предкапиталистических и даже раннекапиталистических отношений на Руси. По Л. В. Даниловой, совсем напротив, сращение государственной организации с мирскими выборными, функционирование после, них в качестве низшего звена управленческою аппарата — типично средневековое явление. Новейший исследователь вопроса Ю. В. Кривошеев выступил против столь распространенного тезиса о том, что губная и земская реформы являются шагом на пути централизации.
Институты самоуправления XVI в. представляются ему продолжением демократических вечевых традиций Древней Руси в новых условиях формирования единого государства. Данилова также пишет о том, что правительственные меры не создавали земского строя, они вводили его в общероссийские рамки, нивелируя местные особенности. Но при этом надо учесть и другое ценное замечание Даниловой: губная и земская реформы и последующие царские указы фактически ставили крестьянство под власть местного дворянства, возглавляемого выбранным из его среды земским старостой. Утверждение общероссийским законодательством общинных выборных в роли низшего звена административного аппарата на деле привязывало крестьян к государству.
Государственная власть попыталась усилить и свой центральный аппарат. К этому времени относится создание первых функциональных органов управления — приказов (первоначально назывались «избами»). Внешней политикой занимался Посольский приказ, Адашеву был поручен Челобитенный приказ. Поместный приказ ведал землевладением. Разбойный приказ разыскивал и судил «лихих людей». Сбор дворянского ополчения и назначение воевод были в компетенции Разрядного приказа. В 1550 г. созданные еще при Василии III отряды пищальников были преобразованы в стрелецкое войско. Ими ведал Стрелецкий приказ. Финансовые дела находились в компетенции Большого прихода и Четвертей (Четей). С присоединением Казанского и Астраханского ханств создается приказ Казанского дворца. Окончательное оформление и развитие приказной системы приходится на следующее столетие.
К этому времени относится начало деятельности земских соборов — первый, так называемый собор примирения, состоялся в 1549 г. Активная соборная практика будет существовать в России на протяжении периода, занимающего примерно около столетия. «При всем разнообразии точек зрения на земские соборы, высказывавшихся в дореволюционной историографии, можно отметить два основных направления в изучении их характера и исторического значения», — отметил Л. В. Черепнин. Одни исследователи стремились сравнить земские соборы с сословно-представительными учреждениями Западной Европы. Другие делали упор на своеобразие этого политического института, на древнерусские его корни.