После убийства отца новый император Александр I подтвердил его устное запрещение деятельности масонских лож. Но в 1803 году он же неофициально эту деятельность разрешил и одобрил. Начался новый расцвет ордена вольных каменщиков. Масоны приняли деятельное участие в выборах главы московского ополчения, возобновили сношения с зарубежными «братьями», прежде всего с радикальными военными ложами и масонскими союзами в Германии. Но Отечественная война 1812 года приостановила развитие масонства, многие ложи «уснули», офицеры-масоны ушли на фронт. Впрочем, некоторые московские масоны просили Великую Директориальную ложу о дозволении учредить ложу Паллада; в далекой Феодосии 16 мая 1812 года была основана ложа Иордана, а состав элитной петербургской ложи Елисаветы к Добродетели, где числилось много генералов и офицеров гвардии, за годы войны с Наполеоном почти удвоился.
Однако в армии еще до наполеоновского вторжения возобновляется деятельность военно-походных лож. В начале 1812 года члены ложи соединенных друзей организовали при лейб-гвардии конном полку ложу Военной верности. Со временем в нее вступил великий князь Константин Павлович, ложа с разрешения императора стала именоваться ложей Александра к военной верности, на ее знаке — пятиконечной звезде был помещен профиль Александра I. 12 марта 1817 года в Мобеже (Франция) при русском оккупационном корпусе была инсталлирована ложа Георгия Победоносца, ее знак — пятиконечная звезда на георгиевской ленте с изображением этого святого. Однако есть данные, что упомянутая ложа была тайно организована при армии еще в Вильно, в самом начале войны или до нее. Сохранились сведения, что масоны составляли ядро той влиятельной «общественности», которая просила императора Александра I против его воли (видимо, император больше наших историков знал об отношении полководца к заговору 1801 года) поставить Михаила Кутузова во главе армии и ополчения. После смерти фельдмаршала масоны посвятили его памяти особое заседание траурной ложи в Петербурге с чтением од и пением гимнов.
Во время заграничного похода русской армии многие генералы и офицеры вступали в западноевропейские и польские ложи. Все они — а это были сотни генералов и офицеров — потом вошли в русское масонство.