На базе БТР-60 выпускалось значительное количество машин специального назначения. Это, в первую очередь, БТР-60ПУ — машина управления звена батальон — полк на базе БТР-60П или БТР60ПА. В ее стандартное оснащение входят радиостанции P-130, Р107, Р-123 и радиоприемник Р-311. БТР-60ПУ-12 — подвижной командный пункт (ПКП) подразделений и частей ПВО сухопутных войск, БТР60ВВС — ПКП военно-воздушных сил; полевые телефонные станции БТР60П-238БТ, БТР-60П-239БТ, БТР-60П-240БТ, БТР-60П-241БТ и укладчик полевого телефонного кабеля БТР-60ЛБГС; радиостанции различной мощности и назначения — БТР-60 Р-137Б, БТР-60 Р-140БМ, БТР-60 Р-145, БТР-60 Р-145БМ, БТР-60 Р-156БТР, БТР-60 Р-161Б, БТР-60 Р-409БМ; радиомашины наведения авиации БТР-60 Р-975 и ARP-60 Р-975М1, зарядная станция БТР-60 3-351БР Все эти машины, как правило, не имели башен и штатного вооружения.
Подвижной командный пункт на базе БТР-60ПБ оснащался башней ТКБ-0149, в которой устанавливался пулемет ПКТ и приборы наблюдения.
С середины 1970-х годов на вооружении артиллерийских частей состоят машины управления командира батареи 1В18 «Клен-1» и командира дивизиона 1В19 «Клен-2», а также их модернизированные образцы 1В18-1 и 1В19-1. Активно эксплуатировалась в войсках машина технической помощи МТП-2.
БТР-60 принимали участие в операции по вводу войск стран Варшавского Договора в Чехословакию в 1968 году, в советско-китайском пограничном конфликте в районе о.Даманский в 1969 году. В последнем случае новые бронетранспортеры и получили настоящее боевое крещение. На вооружении пограничных застав «Нижнее — Михайловка» и «Кулебякины сопки» состояли бронетранспортеры БТР-60ПБ, а на вооружении мотоманевренной группы 57-го погранотряда — БТР-60ПБ и БТР-60П. В ходе боев проявился ряд недостатков, главным образом тактических. В частности, многие командиры переоценили значение понятия «противопульное бронирование», используя БТРы для лобовых атак китайских позиций. Между тем броня БТР-60ПБ защищает от бронебойной пули Б-32 калибра 7,62-мм лобовую проекцию корпуса при выстреле в упор, башню — с 270 м, крышу корпуса при крене 20° — с 50 м, верхнюю проекцию борта корпуса — с 360 м и нижнюю проекцию борта корпуса, а также корму — с 900 м. Впрочем, большинство повреждений, полученных бронетранспортерами, стали следствием огня ручных противотанковых гранатометов. Особенностью боев на о.Даманском стало массовое применение китайской стороной гранатометчиков — до 10 против каждого бронетранспортера. По словам офицеров, участвовавших в боях, БТР, без прикрытия пехотой, оказался на поле боя довольно уязвимой целью. Наибольшие потери несли те экипажи, которые пытались использовать бронетранспортеры как танки, не спешивая десант. В случае попадания мины, снаряда или реактивной противотанковой гранаты выходили из строя и БТР, и экипаж, и десант. Значительно лучших результатов достигали подразделения, действовавшие в развернутых цепях под прикрытием БТРов. Поскольку вооружение БТР-60ПБ нестабилизированное, то наиболее эффективным был огонь с места. В частности, 2 марта 1969 года в первый день конфликта начальник заставы «Кулебякины сопки» лейтенант В.Бубенин, сменив два БТР-60ПБ, уничтожил китайский пехотный батальон.