Введение декрета в действие сопровождалось всякого рода репрессиями. Церкви, многочисленные монастыри произвольно закрывались. Священников арестовывали прямо во время службы, иные принуждены были подметать улицы; из священнических одежд шили красные флаги. Меньше чем за год двадцать епископов, десятки священников, диаконов, монахов и монахинь были уничтожены. Чтобы бороться с религиозностью народа, устраивались целые антирелигиозные спектакли. Раки с мощами почитаемых святых были вскрыты. Есть действенное средство… показать народу «нетленные» мощи, — утверждало коммунистическое руководство того времени. — Ничего нет лучше для того, чтобы разоблачить перед лицом легковерной массы низкий обман, на котором покоится всякая религия вообще, и русское православие в частности.[18]
Были осквернены и мощи преподобного Сергия, а монастырь, им основанный, закрыт и превращен в антирелигиозный музей. Городок, возникший вокруг монастыря получил имя революционера — Загорск (сегодня он вновь обрел название, которое носил прежде — Сергиев Посад). Гражданская война между Красной и Белой армиями вызвала разгул насилия. Что же касалось церковной администрации, то, принимая во внимание, что связи с отдельными территориями стали невозможными, Патриарх разрешил некоторым епископам в отрезанных от Москвы епархиях принимать все нужные решения, не докладывая Патриархии. После окончательной победы большевиков, хотя он и избегал всего, что касалось политики, ему пришлось вынести новые нападки на Церковь. В 1922 году обрушился страшный голод на страну. Власть приказала изъять все драгоценные предметы, хранившиеся в церквах, продать их и помочь жертвам голода. Патриарх сам решил сделать это, но воспротивился изъятию освященных предметов (таких, как священные сосуды). Власти с этим не посчитались, и когда во многих местах верующие пытались помешать изъятию ценностей, это стало предлогом для целой волны арестов среди духовенства. Начались процессы и казни. Из одного секретного письма Ленина видно, что это провокация, задуманная с тем, чтобы «расстрелять как можно больше духовенства».[19] Патриарх Тихон был вызван как свидетель на один из этих процессов, а затем обвинен и арестован.Тем временем среди духовенства возникло несколько групп; их называли «обновленцами». Они выдвигали большую реформаторскую программу. Часть предлагаемых реформ, например, по модернизации литургии, возможно, была бы поддержана Собором 1917–1918 гг., если бы его работа не была прервана. Другие были абсолютно неприемлемы с точки зрения традиций православной Церкви. В частности, предлагалось посвящать в епископы людей женатых. В православной Церкви священники обычно женаты, имеют семьи. Но епископы избираются только из числа монахов и, следовательно, иметь семьи не могут. «Обновленцы» высказывались за новую ориентацию Церкви, более социальную, и выступали за сотрудничество с большевиками. Пользуясь ситуацией и получив поддержку властей, они учинили настоящий путч — организовали коллегиальный орган для управления Церковью, созвали Церковный Собор, который низложил Патриарха; обновленцы сделали все для того, чтобы привлечь на свою сторону епископов и приходы, не без помощи политической полиции, арестовавшей их противников. Всем этим они надолго скомпрометировали в глазах простых верующих саму идею о реформе Церковной жизни.