С присущей ему страстью, а порой и запальчивостью он будет отстаивать честь и достоинство отечественного востоковедения, его приоритет во многих важнейших вопросах. Полемизируя с видными петербургскими учеными и модными литераторами, подхватывавшими на лету новейшие теории французских и немецких ориенталистов и выдававших их за последнее слово науки, Иакинф напишет: "Очень неправо думают те, которые полагают, что западные европейцы давно и далеко опередили нас в образовании и нам остается только следовать за ними. Эта мысль ослабляет наши умственные способности, и мы почти в обязанность себе ставим чужим, а не своим умом мыслить о чем-либо. Если слепо повторять, что напишет француз или немец, то с повторением таких задов всегда будем назади, и рассудок наш вечно будет представлять в себе отражение чужих мыслей, часто странных и нередко нелепых".
Глубоко принципиальный характер носила его многолетняя полемика с известным синологом Клапротом и неоднократно возобновлявшиеся споры с академиком Шмидтом, представителем немецкой школы, господствовавшей в те годы в Императорской Академии наук.
Во многих своих трудах он будет настойчиво разоблачать реакционных европейских ученых и литераторов, изображавших Китай страной варварской и отсталой. В эпоху, когда европейские, а затем и американские колонизаторы стремились прибрать к своим рукам одну азиатскую страну за другой, а католические веропроповедники и ученые оправдывали эти захваты необходимостью распространения более высокой христианской цивилизации, Иакинф возвысит свой голос в защиту китайской культуры, за признание прав азиатских народов на свое самобытное прошлое и настоящее, против использования религии и религиозной проповеди для оправдания и утверждения господства сильных держав.
Чуждый чувства расового превосходства и религиозной нетерпимости, с сердечным сочувствием и едва ли нэ влюбленным интересом воспринял он духовные ценности чужой культуры и всю оставшуюся жизнь будет ревностно трудиться над тем, чтобы возможно лучше и полней передать их своему народу.
За глубокое уважение к китайской культуре и ее настойчивую популяризацию в русском обществе его будут упрекать в непомерном восхвалении Китая. Слова упрека выскажет ему даже Белинский, высоко ценивший его как лучшего в Европе знатока Китая.
Эти упреки современников и друзей будут нередко справедливы. Посвятив свою жизнь всестороннему изучению Китая, открыв для себя и для мира почти несметные богатства его художественных и научных ценностей, Иакинф впадал порой в невольную идеализацию этой страны, ее культуры, порядков и обычаев, выдавал ее общественное устройство чуть ли не за образец справедливости, а ее законы, "проходившие сотни веков через горнило опытов", изображал "близкими к истинным началам народоправия". Нужно, однако, иметь в виду, что от жизни в Китае его отделяли тысячи верст и десятилетия. А недаром говорится: там хорошо, где нас нет. В Китае его уже не было, и поэтому многое там казалось ему столь прекрасным. Да и мало кто из его критиков понимал, что порой идиллическое изображение различных сторон китайской жизни было для заточенного в лаврские стены Иакинфа как бы мечтой об идеале, скрытым выражением недовольства николаевской действительностью.
Но если упреки друзей будут вызывать у Иакинфа лишь усмешку, то нападки недругов — ярость и язвительную отповедь. А эти нападки станут особенно резкими в сороковые годы, когда могущественные капиталистические страны поведут борьбу за раздел Китая, а Англия развяжет печально знаменитую опиумную войну. Опровергая ходячее обвинение китайцев в высокомерии, в прирожденной враждебности ко всему иностранному, в нежелании вступать в сношения с европейцами, Иакинф опубликует ряд статей в защиту Китая и его культуры. В изданной в 1848 году книге "Китай в гражданском и нравственном состоянии" он покажет высокий уровень китайской цивилизации и прямо напишет: "…европейцам есть чему поучиться у китайцев". Это произведет впечатление разорвавшейся бомбы. Многоголосый хор его критиков возглавит Сенковский, который еще недавно писал о выдающихся трудах отца Иакинфа, а теперь будет обвинять его в пристрастии к китайцам, в излишней доверчивости к китайским источникам, в "возмутительных" сравнениях Китая с Европой.
Подвижничество отца Иакинфа, почти невероятный объем и разнообразие его трудов всегда будут поражать современников. В многочисленных рецензиях на его сочинения будет неоднократно подчеркиваться: "Никто, бесспорно, не сделал в Европе столько для славы и чести Китая, как наш знаменитый синолог". "Число важных капитальных фактов, извлеченных им из тьмы китайской грамоты, количество свету, пролитого им на самые запутанные вопросы по части этой любопытной страны, почти невероятны".
Современная ему наука высоко оценит труды Иакинфа. Не раз Академия наук присудит ему высшую научную награду России — Демидовскую премию.