Поступательное движение России к восточным пределам Евразии не ограничилось установлением глубоких и взаимовыгодных связей с китайскими императорами династии Цин (1636–1911 гг.).
В 1639 году на Охотском побережье Великого океана русские основывают острог — морской порт Усть-Улья, который, наряду с Охотском (основанным в 1647 г.), стал опорным пунктом русской колонизации побережий и островных земель в северной части Тихого океана. В этом же году сёгунат был поставлен под власть феодалов из клана Токугава, перенесших столицу Японии из гор. Камакура в свой родовой замок Эдо (нынешний Токио), а резиденцией полностью отстраненного от государственных дел императора по-прежнему остался священный город общеяпонских религиозных церемоний Киото.
Установлению сёгунского режима Токугавы в Японии предшествовал почти трехвековой период феодальной междоусобной борьбы и государственной раздробленности Японии, последовавший после свержения власти сёгунов из родственных домов Миномото и Ходзё (1192–1333 гг.). К началу XVI века император и сёгун потеряли всякую реальную власть над страной. Отдельные феодалы распространили свое влияние и господство на целые провинции; так, были созданы автономные княжества, правители которых (даймё) не подчинялись ни императору, ни сёгуну.
Князья (даймё), заботясь об увеличении собственных доходов, поощряли развитие торговли, ремесел и сельского хозяйства в своих владениях. Все это привело к расширению внешней торговли с Китаем, Кореей, Филиппинами и Индокитаем, а также к первым контактам и их упрочению с португальскими и испанскими купцами, которые привезли с собой католических миссионеров, начавших усиленное распространение латинства на юго-западе Японии.
Рост богатства и могущества отдельных феодалов создал предпосылки объединения страны под властью некоторых из них. Такой союз был создан во главе с Ода Нобунага в объединении с кланами Токугава и Такеда. С 1582 по 1615 годы этот союз феодалов объединил всю страну под своей властью. В ходе последующей краткой борьбы за власть между ними победителем вышел дом Токугава, взявший под свой контроль управление по делам самураев — представительство сёгуна и всю полноту власти в Японии, которую он сохранял до середины XIX века.
Проблемой Токугавского сёгуната явилась христианизация страны. Некоторые влиятельные даймё, принявшие христианство, были непримиримо настроены к дому Токугавы, феодалы которого рассматривали их как факторы возможного иностранного вторжения в Японию. Второй сёгун из дома Токугавы Хидэтада закрыл в 1616 году по этой причине все морские порты для европейских судов. В 1624 году в Японию перестали допускать испанские корабли, а в 1630 году последовал запрет на европейскую литературу.
Оппозиционные князья с острова Кюсю не только богатели на внешней торговле, но и обменивались посольствами с папским престолом в Риме. Крестьяне, обрабатывавшие землю феодалов-христиан, также были христианами и не раз поднимали восстания против сёгуната. Наиболее крупное выступление японских крестьян-христиан произошло в 1637 году на острове Кюсю в г. Симабаре. Оно было подавлено при помощи голландцев, нанятых сёгуном. Голландцы артиллерийским огнем орудий, установленных на их судах, разбили неприступные стены замка Хара; затем войска токугавского сёгуна вырезали более 30 тыс. японских христиан. Залпы голландских корабельных орудий оказались победными для дома Токугавы.
После подавления восстания режим Токугавы запретил въезд в Японию для испанцев и португальцев; англичанам и голландцам разрешалось проживать лишь на острове Дэсима, близ Нагасаки. Голландцам и китайцам разрешалось торговать, и для них был открыт два раза в год только один порт — Нагасаки. В 1639 году последовал указ сёгуна об изоляции страны, этот указ прерывал связи Японии с европейскими странами. Исключение было сделано только для голландских купцов. Японцам выезд за пределы трех центральных японских островов был запрещен.
В том же 1639 году русские казаки вышли к Тихому океану и заложили на его Охотском побережье морской порт-крепость Усть-Улья. Уже в следующем 1640 году казак И. Москвитин уходит отсюда на юг Охотского моря и открывает устье реки Амур и северную часть Сахалина. Казацкий атаман Семен Дежнев морским походом из Якутска открывает в 1648 году Берингов пролив и пишет царю в Москву о том, что «Сибирь омывается морем с севера и востока и не встречается с Американским континентом».
Два коча из экспедиции Дежнева уносятся штормами на юг и были выброшены на побережье большого неизвестного «носа» южнее устья р. Анадырь. В 1651 году М. Стадухин проверяет это известие уцелевших казаков и открывает северную часть Камчатки. По сообщениям ученого иезуита д'Авриля, современника событий, не позднее 1667 года на Аляске побывал казак Тарас Стадухин с товарищами. Карту этой неизвестной земли с указанием островов Диомида и западной оконечности «Большой земли» (Аляски) ученый иезуит видел в 1711 году в Якутске с указанием на ней подписи первопроходца: «Тобольск, 1669 год».