Как уже отмечалось выше, эстонские полицейские формирования стали создаваться сразу же после прихода фашистов. При помощи абвера и СД были образованы «отряды самообороны» («Омакайтсе»). К ноябрю 1941 года ими было проведено 5 033 облавы, арестованы 41 135 человек, из которых казнены на месте 7357человек. Из них2 тысячи – евреев. Помимо евреев, эстонская полиция и «силы самообороны» ликвидировали сторонников Советской власти (к которым зачастую причислялись все русские). После занятия вермахтом Тарту летом – осенью 1941 года в противотанковом рву отрядами «Омакайтсе» были убиты более 12 тысяч мирных жителей и военнопленных.
К середине года полицейские силы Эстонии составляли более 10 тысяч человек. Они действовали не только на территории своей республики – 36-й эстонский полицейский батальон участвовал в массовом расстреле евреев в белорусском городе Новогрудок. Другие эстонские батальоны несли охрану лагерей военнопленных, работавших на угольных шахтах Украины. 286-й батальон участвовал в карательных операциях в Восточной Пруссии и Белоруссии. 658-й восточный батальон проводил карательные операции против мирного населения в районе г. Кингисепп и дер. Керстово (Ленинградская область), сжигал целые деревни (Бабино, Хабалово, Чигиринка и др.).
Спецбатальон «Остланд» на территории Украины и Белоруссии участвовал в расстреле евреев (12 тысяч человек). В ноябре 1942 года батальон участвовал в ликвидации партизан в районе г. Овруч, где было сожжено более 50 деревень и расстреляно свыше 1500 жителей. В одной из деревень заживо сожжены 40 крестьян. Также были расстреляны как «неполноценный расовый элемент» 243 цыгана в концлагере Харку.
Эстонские полицейские участвовали в ликвидации евреев, привозимых из стран Европы, в основном из Чехии. 5 сентября в местечко Каасику прибыл эшелон с тысячей евреев из гетто Терезиенштадт. Все они были расстреляны эстонцами. Через неделю такая же судьба постигла и евреев, доставленных из Берлина.
В 1943 году в концлагерь Клоога, охрану которого нес 287-й эстонский полицейский батальон, были доставлены несколько тысяч евреев из гетто Каунаса, Вильнюса, концлагеря Саласпилс в Латвии и Трансильвании, которых впоследствии использовали на торфоразработках. Перед наступлением Красной армии все они были расстреляны эстонцами. Всего за годы войны эстонцы-каратели уничтожили более 150 тысяч человек.