Военные походы Петра требовали больших затрат, что в свою очередь вызывало необходимость пополнения государственной казны. А с этим были определенные проблемы. Государственные налоги и сборы со всей страны стекались в столицу, где расходились по московским приказам и, как правило, таяли там, как прошлогодний снег. Лишь малая часть собираемых средств вновь тратилась на насущные государственные нужды, как то: финансирование армии, производство и закупка вооружения. Петр одновременно с реформой госаппарата менял и фискальную систему, она должна быть такой, «чтобы всякий знал, откуда определенное число получать мог».
Это была не первая попытка царя-реформатора изменить систему власти в Москве, опиравшейся дотоле на приказы, существовавшие еще со времен Ивана Грозного и занимавшиеся каждый своим делом (потому и названия у них были сами за себя говорящие -счетный, челобитный, посольский, тайных дел и так далее). Находились приказы в Кремле.
Реформа самоуправления, предпринятая Петром в январе 1699 года, положила начало существованию в Москве совершенно нового учреждения: Бурмистерской палаты (или Ратуши), состоящей из представителей торгово-промышленного сословия. Как и многие новинки того времени, появление Ратуши стало результатом поездки молодого царя в Западную Европу, где подобные органы управления существовали издавна.
В подчинении московской Ратуши находились местные земские избы - выборные посадские органы во главе с земскими старостами, которых стали называть бурмистрами. Ратуша возглавлялась президентом и была коллегиальным органом, состоявшим из двенадцати бурмистров. Наделив Ратушу правом финансового контроля, Петр полагал, что сможет покончить с воровством воевод. Ратуша собирала в казну государственные платежи: налоги, таможенные пошлины, мзду с кабаков и харчевен, чтобы затем распределять накопленные деньги.
Волновала царя и необходимость увеличения государственных расходов, вести которые он также доверил Ратуше. Но здесь его ждало разочарование. Так, назначенный в 1705 году инспектором ратушного правления Алексей Александрович Курбатов беспрестанно докладывал царю о злоупотреблениях уже не только среди воевод, но и среди выборных московских бурмистров: «В Москве и городах чинится в сборах превеликое воровство... и ратушские подъячие превеликие воры».
Тем не менее, несмотря на коррупцию среди московских чиновников, Петру удалось добиться увеличения прибылей Ратуши, однако все возрастающих военных расходов они покрыть не могли. Терпение государя переполнилось, и он вновь решился на реформу -губернскую. Как справедливо отметил Василий Ключевский, «губернская реформа клала поверх местного управления довольно густой новый административный пласт. Петр поколебал эту старую, устойчивую и даже застоявшуюся централизацию. Прежде всего, он сам децентрализовался по окружности, бросив старую столицу, отбыл на окраины, и эти окраины загорались одна за другой либо от его пылкой деятельности, либо от бунтов, вызванных этой же деятельностью».
Своим указом от 18 декабря 1708 года Петр I создал следующие губернии: Московскую, Азовскую, Архангелогородскую, Ингерманландскую (с 1710 года Санкт-Петербургскую), Казанскую, Киевскую, Сибирскую и Смоленскую. С годами число российских губерний росло. В 1775 году их было уже 23, к 1800 году - 41, а к концу существования Российской империи уже 78.
В 1719 году губернии были подразделены на провинции во главе с воеводами, провинции же состояли из уездов, руководимых комендантами. А во главе губерний царь поставил главных начальников - губернаторов. Первым московским губернатором в 1708 году был назначен родственник царя Тихон Никитич Стрешнев (1644-1719), один из немногих бояр, бороду которого Петр пожалел. Стрешнева царь любил как отца родного, часто так и обращаясь к нему в письмах и при разговоре. Один из ближайших сподвижников Петра, Стрешнев пользовался его особым доверием, недаром еще в 1697 году именно его царь оставил управлять государством, отправившись в Западную Европу.
Наместниками остальных губерний Петр также поставил преданных себе людей, в частности столичным генерал-губернатором стал Александр Меншиков. Приставка «генерал» в его новой должности означала, что Меншиков управлял приграничной губернией и был в военном звании. Он-то и стал первым в России генерал-губернатором.
Главной задачей губернатора стал сбор доходов на содержание расквартированных на территории губернии войск, а также управление и надзор над этими войсками, контроль за работой судов. Занимались царские наместники и гражданским управлением, зачастую полагаясь в этой части своих полномочий на вице-губернаторов. Первый вице-губернатор появился в России уже при следующем после Стрешнева градоначальнике - князе Михаиле Григорьевиче Ромодановском, также петровском сподвижнике. Вице-губернатором при Ромодановском стал В. С. Ершов.