В шестнадцатом столетии на арену борьбы за чистоту церкви выступают Цвингли, Кальвин и Лютер.
Ульрих Цвингли (1484–1531), священник из Цюриха, восстал против Римской церкви и громил злоупотребления духовенства. В 1522 году, с согласия Цюрихского городского совета, Цвингли стал приводить в исполнение радикальную реформу церкви и сделался реформатором Швейцарии. Гуманист по образованию и убеждениям, широкий по уму и высокий по своим душевным качествам, Цвингли является одним из самых выдающихся духовных деятелей реформационного периода. Цвингли был убит католиками в сражении с войсками католических кантонов, при Каппеле.
Иоганн Кальвин (1509–1564), родом из Франции, положил вместе Цвингли основание реформаторской церкви. Пробыв некоторое время в Страсбурге, Кальвин был приглашен в Женеву, где действовал с большой властью, водворив в Женеве теократические порядки. Сделанные им многие нововведения в церкви были осуждены на соборе в Лозанне. Приверженцы кальвинизма во Франции были названы Гугенотами. Они подвергались сильным преследованиям. Во время бракосочетания Генриха Беарнского с Маргаритой Валуа, по инициативе Екатерины Медичи, матери Карла IX-го, католики решили истребить гугенотов, проживающих в Париже. Избиение это произошло в ночь св. Варфоломея с 23-го на 24-е августа 1573 года и получило в истории название «Варфоломеевской ночи». В ту ночь во Франции было уничтожено около 30 000 гугенотов, Из них 2 000 жертв в Париже. Гугеноты и по сей день имеют свои церкви на юге Франции, пользуясь по кодексу Наполеона гражданскими и политическими правами наравне с католиками.
Мартин Лютер (1483–1546), сын рудокопа из Эйслебена, получил степень магистра, но, имея глубокое влечение к духовной жизни, спустя два года постригся в августинские монахи. С 1508 года Мартин Лютер занимает кафедру философии в Виттенбергском университете. В 1511 году Лютер, побывавший в Риме, пришел в ужас от развратного образа жизни Римского духовенства. Находясь в Риме и, подымаясь по лестнице «Сайта Скаля» в одном из храмов Ватикана, Лютер вспомнил слова Священного Писания: «праведный верою жив будет» и там же уверовал во Христа, как своего личного Спасителя, дающего оправдание даром, по вере, всякому грешнику, кающемуся («Сайта Скаля» — имя лестницы, привезенной из Палестины. По этой лестнице, якобы, подымался Христос к Пилату.). Римская церковь учит, что всякий, кто взойдет по этой лестнице на коленях, читая при этом установленные молитвы, получит «абсолют», т. е. полное прощение грехов. Очевидность заблуждения предстала пред Лютером с такой реальностью, что он тотчас поднялся с колен и уже больше лестницей не спасался.
Возвратившись в Германию, Лютер — доктор богословия и профессор университета, опубликовал 95 тезисов, в которых осуждал отступления церкви. Лютер доказывал, что человек не может спасти себя ни восхождениями по лестнице Пилата, ни постами и молитвами и никакими добрыми делами, что спасение совершено однажды и навсегда Христом на Голгофе, что священник не стоит ближе к Богу, чем человек-мирянин, и призывал католических священнослужителей не властвовать над людьми, а служить им. Тезисы его верования были широко оглашены. Впечатление, вызванное его протестами против злоупотреблений церкви и призывами к простоте Евангельского верования, было необычайное. Мартин Лютер смело выразил то, что смутно бродило в душах его современников и был услышан народом.
Папа послал буллу, угрожавшую «дикому вепрю, разоряющему виноградник Господа» отлучением, но Лютер публично сжёг ее перед Виттенбергскими студентами. Папа решил судить «дерзкого монаха, поколебавшего структуру церкви и древнюю веру». Сейм, собранный папой в Вормсе, уже предвкушал сожжение «еретика» на костре, но сейм и папа оказались бессильными противостоять твердому защитнику Лютера, — императору германскому Фридриху Мудрому. Под защитой этого последнего, Лютер был отправлен в Вартбург, где перевел Библию на немецкий язык. Вернувшись в Виттенберг, Лютер покинул монашество и женился на бывшей монахине Екатерине Фон-Бора, прозванной за высокое благородство души «ангелом Виттенберга». Лютер вёл обширную переписку с князьями, учеными, богословами и друзьями, оставив после себя много богословских трудов, религиозных рассуждений и трактатов.
Результатом реформ Мартина Лютера явилось новое христианское вероучение — Лютеранство, которое легло в основу многих видов здорового протестантизма. Из Германии и Швейцарии лютеранство постепенно распространялось по другим странам. Оно проникло в Данию, Швецию, Голландию, Англию, Шотландию, Францию, и в настоящее время имеет своих последователей во всех странах мира. Реформационное движение всюду вызывало волнения, продолжительные и ожесточенные войны между католицизмом и протестантами и завершилось известной 30-летней войной, окончившейся Вестфальдским миром в 1648 году.