Разумеется, что все предложения министра обороны маршала Малиновского были приняты. Из постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР:
«1. Освободить адмирала Чабаненко А. Т. от должности командующего Северным флотом и назначить в распоряжение министра обороны.
2. Объявить строгий выговор члену Военного совета начальнику политического управления Северного флота контр-адмиралу Сизову Ф. Я.
3. Назначить командующим Северным флотом адмирала Касатонова В. А., освободив его от должности командующего Черноморским флотом.
4. Указать Главнокомандующему Военно-морским флотом адмиралу Горшкову С. Г. и заместителю Главнокомандующего военно-морским флотом инженер-адмиралу Исаченкову Н. В. на большую аварийность на кораблях Северного флота, слабый контроль центральных органов управления за организацией службы…
5. Принять к сведению меры, принимаемые Министерством обороны по наведению порядка на Северном флоте.
6. Одобрить проект постановления Совета Министров СССР о выдаче единовременного пособия семьям военнослужащих, погибших при исполнении служебных обязанностей при катастрофе подводной лодки Б-37».
Почти сразу же начали свою работу представители прокуратуры и Военного трибунала. Из воспоминаний генерал-майора юстиции в отставке Титова Федора Дмитриевича, бывшего в 1962 году председателем военного трибунала Северного флота: «К исходу дня (катастрофы) на флот прибыла государственная комиссия во главе с Главкомом ВМФ адмиралом флота С. Г. Горшковым, в состав которой входила большая группа ученых под руководством академика А. П. Александрова. Первоначально комиссия выдвинула двадцать две версии происшедшего взрыва, но после тщательного ознакомления с первичными материалами она остановилась на четырех.
Результаты работы комиссии были доложены министру обороны маршалу Советского Союза Р. Я. Малиновскому и через него представлены в Президиум Центрального Комитета КПСС, который безотлагательно ознакомился с ними и принял соответствующее решение, где был дан краткий анализ причин катастрофы на подводной лодке Б-37, сделаны оргвыводы и сформулированы указания МО СССР: принять меры, направленные на повышение организаторской и воспитательной работы, укрепление дисциплины и правопорядка на кораблях и в частях флота. Оргвыводы непосредственно касались двух должностных лиц: командующего Северным флотом адмирала А. Т. Чабаненко, которого сняли с занимаемой должности, и командира Б-37 капитана 2-го ранга А. С. Бегебы, в отношении которого было предписано: отдать под суд Военного трибунала.
Вскоре на флот прибыл новый командующий – адмирал В. А. Касатонов. При первой встрече со мной Владимир Афанасьевич высказал свое глубокое возмущение поведением Бегебы в день катастрофы и выразил твердое убеждение, что суровый приговор трибунала Военный совет использует «как рычаг в деле решительного укрепления дисциплины и порядка на кораблях и в частях флота».
Через три месяца после трагедии Б-37 в Военный трибунал Северного флота поступило уголовное дело в шести томах по обвинению командира подводной лодки Б-37 капитана 2-го ранга А. С. Бегебы в должностном преступлении. У меня, как у председателя, не было сомнений в том, что изучением материалов предварительного следствия я должен заниматься лично, не перекладывая этого сложного дела на своих подчиненных. Еще до поступления результатов следствия в Военный трибунал я самым тщательным образом вникал во все детали этого «черного дня», как его окрестили на флоте. Прежде всего съездил в Полярный, где побывал на месте происшествия, внимательно осмотрел оставшуюся часть злосчастной лодки, к тому времени поднятую из воды, побеседовал со многими подводниками, встречался с жителями города – свидетелями катастрофы, изучал оперативные документы, знакомился со списком предполагаемых народных заседателей.
В приказе министра обороны СССР о наказании виновников катастрофы значилось, что капитан 2-го ранга Бегеба был снят с должности за «преступно-халатное отношение к своим служебным обязанностям при катастрофе вверенной ему подводной лодки» и передан суду Военного трибунала.
Из приказа министра обороны: «…Обнаружив пожар на подводной лодке, капитан 2-го ранга Бегеба А. С. ограничился докладом об этом по телефону оперативной службе, не возглавил борьбу за живучесть подводной лодки и спасение личного состава, проявил растерянность, действовал нерешительно и безынициативно и в сложных условиях фактически самоустранился от командования кораблем. Прибывший к месту происшествия командир 211-й бригады подводных лодок, в состав которой входит подводная лодка Б-37, капитан 1-го ранга Щербаков Г. С. не сумел обеспечить четкую организацию спасения личного состава, спасательные партии с кораблей были вызваны с опозданием, должного руководства их действиями не осуществлялось».