И все же почему с Шуйским поступили столь гуманно? Разумеется, решающую роль в спасении его жизни сыграло коллективное письмо, инициированное командирами-подводниками Иваном Колышкиным и Николаем Козловым. Вспомним, что шел 1939 год и смельчаков, кто бы писал такие письма Сталину, в стране были единицы. Отметим, что письмо при этом было коллективным, а значит, выражало точку зрения всего командного состава подплава Северного флота. Сталин был мудрым человеком и прекрасно понимал, что в обстановке уже начавшейся мировой войны производить массовые аресты комсостава североморского подплава ни в коем случае нельзя. Если же, наоборот, прислушаться к подводникам и заменить статью прогоревшему командиру, это значительно улучшит моральный климат среди подписантов. Люди успокоятся и будут больше думать о том, как победить, а не о том, что их вот-вот посадят. Заметим, что вопреки «традициям» 1937–1938 годов не был расстрелян за целую серию катастроф и командующий флотом Дрозд. Его даже не разжаловали, а просто назначили с понижением на Балтийский флот.
О том, что репрессии на флоте к этому времени сошли на нет и Сталин теперь, наоборот, старался сохранить оставшиеся командные кадры, говорит и похожий случай на Тихоокеанском флоте, произошедший в это же время. Там во время буксировки в шторм был посажен на камни и разбит волнами новейший эскадренный миноносец «Решительный». Ответственность за столь бездарную потерю новейшего эсминца несли двое: командующий флотом Н. Г. Кузнецов и командовавший буксировкой эсминца капитан 2-го ранга С. Г. Горшков. Вопреки всем ожиданиям Сталин и в этом случае обошелся без репрессий. Горшков был просто переведен с понижением на Черное море (в отличие от трагедии Щ-424 на «Решительном» не было погибших), а Кузнецов вскоре и вовсе назначен наркомом ВМФ. Но и в этом случае не последнюю роль в решении Сталина о наказании сыграл убедительный и аргументированный доклад Кузнецова – аналог письма Колышкина и Козлова.
Из воспоминаний ветерана Северного флота Н. Н. Козлова: «Виновным грозило самое суровое наказание. Однако через некоторое время пришла выписка из указа Председателя Президиума Верховного Совета М. И. Калинина: высшая мера виновникам катастрофы заменялась на десятилетний срок заключения. До этого командир Шуйский и капитан траулера просидели несколько десятков дней в камере смертников. Может быть, и сыграло положительную роль наше письмо вождю, не знаю, но оно явилось определенной проверкой порядочности командного состава подводников. Кстати, после указа отстали от нас и политотдельцы. С началом войны неожиданно К. Шуйский появился у нас на бригаде, его, как он сказал, “отпустили смывать преступление кровью”».
Однако отпустили Константина Матвеевича Шуйского не просто так. Все те же Колышкин, Козлов и другие с началом войны обратились к наркому ВМФ Кузнецову с просьбой вернуть опытного офицера-подводника на флот. Вслед за Шуйским переслали и его личное дело с многозначительным примечанием «с последующим отбытием срока заключения после войны». Впрочем, для того, чтобы исполнить это предписание, надо было еще остаться в живых.
Вначале Шуйского назначили старпомом подлодки К-3, которой командовал К. Малофеев. Командиром назначать его было нельзя, так как судимость еще не была снята. На К-3 Шуйский участвовал в четырех боевых походах, в которых были потоплены 2 транспорта и поврежден один корабль.
При этом судимость с Шуйского сняли только в 1942 году. Причиной к снятию послужили итоги знаменитого декабрьского боя в 1941 году К-3, которую вывел в море Магомет Гаджиев. Шуйский был в этом походе старпомом. Тогда подводная лодка потопила транспорт, подверглась преследованию, всплыла в надводное положение и расстреляла преследовавшие ее корабли охранения конвоя. В итоге орденами и медалями наградили весь экипаж, кроме одного человека – Шуйского: с него сняли судимость.