Отказавшись от руководства институтом, Отто Юльевич вскоре ощутил некий вакуум общения с представителями науки. Чтобы компенсировать этот недостаток, он возглавил редколлегию академического журнала «Природа», после перевода этого журнала из Ленинграда в Москву (1951). Деятельность Отто Юльевича на этом посту описана в воспоминаниях одного из бывших сотрудников редакции Л.С. Абрамова. Он проработал с «шефом» до самой его смерти: «Редколлегия шмидтовской “Природы”… состояла из маститых и к тому же деятельно работавших в науке ученых, представлявших ее ведущие направления. Академики Н.Н. Аничков, А.Е. Арбузов, К.М. Быков, А.П. Виноградов, А.В. Винтер, И.П. Герасимов, Е.Н. Павловский, В.Н. Сукачев, А.М. Терпигорев, Н.В. Цицин, Д.И. Щербаков… не только сами составляли перспективные планы по своей специальности и защищали их на редколлегии, но и активно участвовали в обсуждении годовых планов и планов номеров. Поразительно, как О.Ю. Шмидт организовывал эти коллективные действия… Обсуждение разных планов – от перспективного до плана номера – превращалось в подлинно научную дискуссию, в которой генетики спорили с физиками, физиологи – с математиками, лысенковцы с В.Н. Сукачевым. Это было интересно и поучительно для самих членов редколлегии – представителей разных специальностей, тем более что дискуссии эти тактично и остроумно вел О.Ю. Шмидт. В итоге не только большинство членов редколлегии активно работали… Нет ничего удивительного в том, что “Природа” поддерживала и даже способствовала развитию… новых направлений в физике и геохимии, в биологии и астрономии, в геологии и географии, и ни разу не споткнулась на пропаганде сомнительных теории или прожектерства, была корректна в оценке дискуссий, культивировавшихся в те времена во многих областях знаний» (1981, с. 68). В качестве редактора Отто Юльевич считал, что интерес у читателя должны вызывать не только отдельные статьи, но и журнал в целом. При обсуждении на редколлегии журнала он неизменно задавался вопросом, какие именно статьи вызовут повышенный интерес взыскательного читателя, называя такие материалы ударными.
«Большое внимание О.Ю. Шмидт рекомендовал уделять популяризации не только представлений, но и рассказам о получении научного знания. Любил и поощрял статьи об экспедициях, о работе учреждений и лаборатории, о постановке эксперимента или наблюдений, о применяемой при этом новой технике» (Там же, с. 69), в значительной мере по собственному исследовательскому опыту. Все это делало академический журнал не просто популярным, но пользовавшимся повышенным спросом среди интеллигенции вообще, включая учителей. В своей непосредственной работе над каждым номером академик Шмидт не просто визировал подготовленные редакцией материалы, но и читал все – от ведущих статей и до самых кратких заметок, помечая прочитанное инициалами. Часто общался с авторами, причем его рекомендации и замечания всегда оставались конструктивными и доброжелательными, в такой работе для него было важно не просто «снять вопросы», но и убедить автора в необходимости тех или иных исправлений, щадя авторское самолюбие, особенно у молодежи. «Но доброжелательность кончалась там, где автор был некомпетентен или недобросовестен, где проявлялось стремление к рекламе. Здесь Отто Юльевич проявлял принципиальность и непреклонность, невзирая на лица. “Это идет дальше фактов. Ломоносов и без того достаточно велик, чтобы ему что-то приписывать. Для “Природы” не подходит”, – писал он на статье одного из руководителей Академии. Или о статье руководителей Комитета в помощь великим стройкам: “По моему представлению, обводненная пустыня останется пустыней с водопоями, а не раем земным”. Отстаивал он свои взгляды и решения редколлегии в тех случаях, когда отвергнутые авторы обращались в высокие инстанции. Все это помогало высоко держать научную марку “Природы” в то время, когда волюнтаристские решения принимались довольно часто» (Там же, с. 70). Не опасаясь за собственную репутацию, в беседах с сотрудниками обращался к авторитету предшественников, по-своему расширяя кругозор сотрудников. Так, он объяснял им, что хотя взгляды В.И. Вернадского в области географии были подхвачены Б.Л. Личковым, Б.Б. Полыновым и А.А. Григорьевым, но в целом научное наследие этого выдающегося корифея остается неосвоенным современниками, порой иллюстрируя прогресс науки (например, в области медицины) на собственной судьбе: когда не помог стрептомицин, придумали паск и т. д.