В письме, адресованном Ленину, большевик Гопнер описал деятельность чекистов в Екатеринославе (письмо датировано 22 марта 1919 г.): «В этой организации, пораженной преступностью, насилием и произволом, управляемой уголовным сбродом, вооруженные до зубов субъекты расправляются с каждым, кто придется им не по нраву, производят обыски, грабят, насилуют, сажают в тюрьму, сбывают фальшивые деньги, вымогают взятки, а потом шантажируют тех, кто им эти взятки дал, и освобождают за суммы в десять, а то и в двадцать раз крупнее».
25 декабря 1918 г. ЦК РКП(б) обсудил новое положение о ВЧК. Инициаторами были Бухарин и ветераны партии Ольминский и Петровский. Они критиковали «полновластие организации, ставящей себя не только выше Советов, но и выше самой партии». Требовали принять меры, чтобы «ограничить произвол организации, напичканной преступниками, садистами и разложившимися элементами люмпен-пролетариата». Л.Б. Каменев, назначенный председателем комиссии политического контроля, предложил упразднить ВЧК. В.И. Ленин заявил о решительной защите ЧК, «подвергшейся за некоторые свои действия несправедливым обвинениям со стороны ограниченной интеллигенции, ...неспособной взглянуть на вопрос террора в более широкой перспективе». По предложению В.И. Ленина и без того нерешительная критика действий ЧК была окончательно прекращена и законодательно запрещена Постановлением ЦКпартии от 19 декабря 1918 г.: «На страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях» (23: 122).
Ученые-историки Ю.Г. Фелыытинский и Г.И. Чернявский в работе «Красный террор» утверждают, что «в отличие от белых, которые не находили в массовом терроре идеологической и практической необходимости, так как воевали не против народа, террористическая политика большевиков носила принципиально иной характер, так как несмотря на все демагогические заявления и заверения большевистских лидеров, советская власть воевала не за интересы народа, а против народа. Поэтому курс насилия лидерами большевиков проводился в отношении почти всего крестьянства. Опиралась в этих своих действиях советская власть на сельских маргиналов — пьяниц, лентяев и проходимцев, которых украсила при этом регалиями “сельского пролетариата”». «Советской властью смертельным врагом был объявлен почти весь слой образованных и хозяйственно активных людей, которые несли на себе бремя экономического прогресса страны и являлись носителями ее культуры». Авторы приходят к выводу, что основная причина «красного террора» заключалась в отчуждении советской власти от основных социальных структур общества, в ее враждебности простым трудовым людям, людям знаний и общественной инициативы. «Красный террор», проводившийся с «высочайшего благословения» лидера партии большевиков и главы правительства В.И. Ленина, по своим масштабам, глубине, бесчеловечности ни в коем случае не может быть уподоблен «белому террору», который являлся вторичным, ответным и обусловленным обстоятельствами и конъюнктурой Гражданской войны (24: 508).
В октябре 1919г. ВЧК потребовал от местных органов «создать гибкий и прочный информационный аппарат, добиваясь того, чтобы каждый коммунист был вашим осведомителем». Дзержинский предпочитал действовать методами внесудебных расправ. В январе 1922 г. он пишет Ленину: «Есть целый ряд дел, по которым в трибуналах из-за отсутствия фактического материала будут вынесены оправдательные приговоры, в то время как у нас имеется агентурный материал, вполне достаточный для строгого приговора вплоть до высшей меры наказания. По отношению к деятелям антисоветских партий при известной обстановке на территории всей республики или в отдельных частях необходимо применять те или другие репрессии, не имея против них конкретных материалов».