Территория Литвы была захвачена немецкими войсками в течение первых дней войны — Каунас и Вильнюс были заняты немцами 24 июня. Эвакуация около 1700 заключенных из тюрем Вильнюса была начата вечером 23 июня — но состав при отправлении был расцеплен, и в Горький эвакуировали только 609 заключенных. Всего из Литвы было эвакуировано 1363 заключенных. Латвия была захвачена несколько позже, отсюда были эвакуированы 3722 заключенных. Из Эстонии до 2 июля 1941 г. было эвакуировано 4047 заключенных.
Необходимость эвакуации большого числа заключенных беспокоила политическое руководство страны.
С началом Великой Отечественной войны выходит приказ Берии и Прокурора СССР В.М. Бочкова № 221 от 22 июня 1941 г.: «Приказываем:
1. Прекратить освобождение из лагерей, тюрем и колоний контрреволюционеров, бандитов, рецидивистов и других опасных преступников. 2. Указанных заключенных, а также польские контингенты, немцев и иноподданных сосредоточить в усиленно охраняемые зоны, прекратив бесконвойное использование на работах. Содержащихся в лагере заключенных максимально законвоировать. 3. Арестовать заключенных, на которых имеются материалы в антисоветской деятельности. 4. Охрану лагерей, тюрем и колоний перевести на военное положение. 5. Прекратить отпуска всем работникам лагерей, тюрем и колоний и работникам прокуратуры ИТЛ, находящихся в отпусках немедленно вызвать. 6. Прекратить всякую переписку заключенных, а также содержащихся в спецпоселках, с волей. 7. Исполнение донести в 24 часа».
Предлагаемый тюремными властями порядок эвакуации заключенных и «разгрузки» тюрем изложен в докладной записке от 4 июля 1941 г. «СОВЕРШЕННО СЕКРЕТНО НАРОДНОМУ КОМИССАРУ ВНУТРЕННИХ ДЕЛ СССР. тов. БЕРИЯ. Дальнейший вывоз заключенных из тюрем прифронтовой полосы, как вновь арестованных после проведенной эвакуации тюрем, так и в порядке расширения зоны эвакуации, считаем нецелесообразным, ввиду крайнего переполнения тыловых тюрем и трудностей с вагонами. Необходимо предоставить начальникам УНКГБ и УНКВД совместно, в каждом отдельном случае, по согласованию с военным командованием решать вопрос о разгрузке тюрьмы от заключенных в следующем порядке: 1. Вывозу в тыл подлежат только подследственные заключенные, в отношении которых дальнейшее следствие необходимо для раскрытия диверсионных, шпионских и террористических организаций и агентуры врага. 2. Женщин с детьми при них, беременных и несовершеннолетних, за исключением диверсантов, шпионов, бандитов и т. п. особо опасных, — освобождать. 3. Всех осужденных по Указам Президиума Верховного Совета СССР от 26.6,10. 8 и 28.12—1940 г. и 9.4 с. г., а также тех осужденных за бытовые, служебные и другие маловажные преступления, или подследственных по делам о таких преступлениях, которые не являются социально опасными, использовать организованно на работах оборонного характера по указанию военного командования, с досрочным освобождением в момент эвакуации охраны тюрьмы. 4. Ко всем остальным заключенным (в том числе дезертирам) применять ВМН — расстрел. Просим Ваших указаний. Зам. Народного Комиссара Внутренних дел СССР Чернышов, Начальник тюремного управления Никольский».
В связи с быстрым продвижением немецких войск советское руководство стало принимать срочные меры по вывозу заключенных. Телеграмма: «НКГБ — тов. Мешик Минск, НКГБ — тов. Цанава Рига, НКГБ — т. Шустину Таллин, НКГБ — тов. Кумм Петрозаводск, НКГБ — тов. Баскакову Мурманск, УН КГБ — тов. Ручкину, Ленинград, УНКГБ — тов. Куприну. Предлагаю Вам: 1. Проработать вопрос о вывозе подавляющего числа арестованных, числящихся за НКГБ, НКВД, судом и прокуратурой. Сообщите общее количество имеющихся у Вас арестованных, с указанием — сколько, за какими органами числится и какое количество арестованных, по Вашему, следует вывезти. Арестованные будут вывезены в центральные и восточные районы СССР. Учтите, что вместе с арестованными будет направлено некоторое количество Ваших работников для ведения следствия по делам арестованных по новому месту их нахождения. 2. Примите меры к отбору из числа архивных дел наиболее важных, которые также должны быть Вами направлены в Москву, в адрес 1-го спец. отдела НКВД СССР. 3. Рассмотрите дела на всех имеющихся у Вас арестованных органами НКГБ и составьте списки на тех, которых Вы считаете целесообразным расстрелять. В списках укажите имя, отчество, фамилию, год рождения, последнюю должность или место работы перед арестом, а также краткое содержание обвинения, с указанием сознался ли арестованный. Указанные списки вышлите не позднее 23 июля. Меркулов. 23 июня 1941 г. № 2445/М. Москва».