Массовые захоронения на «Коммунарке» производились до середины октября 1938 г., а в 1939 г. имели место лишь единичные случаи расстрелов. Данных о расстрелах в 1940 г. не найдено, но вскоре после начала войны за три дня — 27, 28 и 30 июля 1941 г. — на полигоне было расстреляно 513 человек.
Наиболее массовым был расстрел 16 октября 1941 г. В этот день, когда стала реальной угроза сдачи Москвы немцам, на «Коммунарке» расстреляли 220 человек. В числе расстрелянных были многие политические и военные деятели Латвийской Республики, комкор М.П. Магер, бригадный комиссар В.В. Давыдов, Н.А. Клич, С.И. Оборин, С.А. Черных и другие военные. Наиболее квалифицированные палачи работали в Москве в Варсонофьевском переулке, где имелась своя «расстрельная» команда. Эти палачи «работали» не только в Москве. Время от времени они выезжали в командировки туда, где производились массовые расстрелы, — в Медное под город Калинин, в Катынь, под Смоленск, под Харьков, в другие места. В других городах были свои палачи, свои расстрельные подвалы и полигоны и свои секретные кладбища.
В Ленинграде расстреливали в Левашовском лесу особого назначения. Это одно из самых крупных в стране захоронений репрессированных. По самым скромным подсчетам, здесь покоятся останки пятидесяти тысяч граждан, расстрелянных по политическим статьям. Полигон оставался секретным до начала 1990-х гг. Массовые расстрелы проводились также в Ковалевском лесу — урочище на территории Ржевского артиллерийского полигона, в 4 км к северо-востоку от железнодорожной станции «Ржевка» Всеволожского района Ленинградской области. В Киеве расстреливали в лесу под Быковней, возле сел Рыбное и Святошино, в Бабьем Яру. В Минске массовые расстрелы «врагов народа» производились в урочище Куропаты, где на территории в 30 га обнаружено 510 захоронений.
Палачи во внутренних тюрьмах НКВД областных городов не успевали «исполнять» приговоренных по квотам «первой категории», утверждаемым Политбюро ЦК ВКП(б), поэтому на периферии «ближе к потребителю» открывались дополнительные убойные застенки — филиалы основных. Так, в Иркутской области большая часть приговоров была приведена в исполнение в областном центре в подвалах УНКВД (ул. Литвинова, 13) и во внутренней тюрьме НКВД (ул. Баррикад, 63). Ночью трупы вывозили на грузовых автомобилях в лес под Пивовариху и к поселку Большой Разводной (ныне — в зоне затопления Иркутского водохранилища), где, по данным УКГБ по Иркутской области, захоронены 20 016 жителей Иркутска и области. Но расстреливали также в поселках Бодайбо, Киренске и в районе Озерлага. В Кузбассе кроме Кемерово расстреливали в Мариинске, Прокопьевске, Тисуле, Ягуновке и Темиртау. Многие места массовых политических убийств остаются неизвестными до сих пор. В Томске, например, основным местом массовых расстрелов и захоронения жертв репрессий был район горы Кыштак в Ленинском районе города. Репрессированных пригоняли партиями из тюрьмы (ныне СИЗО на ул. Пушкина, 48а) в Страшный ров и тут же расстреливали (18). Расстрелы проводились также в Асино и других городах области.
Случайно было обнаружено крупное массовое захоронение в городе Колпашево, в 270 км к северо-западу от Томска. В 1979 г., во время майских праздников, паводок на реке Оби подмыл берег Колпашевского яра и обнажил одно из крупнейших мест массовых захоронений. На этом месте в конце 1930-х гт. находилось здание Нарымского окружного отдела НКВД. Начальник городского отделения КГБ доложил о случившемся по инстанции. После проведения первомайской демонстрации первый секретарь Томского обкома КПСС Лигачев и начальник управления КГБ Иванов поставили в известность о «находке» членов Политбюро ЦК КПСС Суслова и Андропова. Было принято решение размыть теплоходами берег, а трупы затопить в реке. Операция по уничтожению захоронения проводилась силами сотрудников госбезопасности под руководством начальника управления КГБ, секретаря обкома КПСС и московского чекиста генерал-майора Фокина.
Район захоронения был оцеплен силами КГБ и милиции. Прокурору города было дано указание не проводить судебно-медицинских экспертиз и опознаний трупов. Был собран партийно-хозяйственный актив, которому сообщили, что в захоронении находятся трупы расстрелянных в годы войны дезертиров. Берег высотой сорок метров размывали винтами двух теплоходов. При дальнейших обрушениях берега были обнаружены новые захоронения. В них находились как останки людей, так и засыпанные известью и хорошо сохранившиеся мумифицированные трупы. При размывании берега трупы падали в реку. Специальные команды из сотрудников милиции и КГБ на моторных лодках дежурили у теплоходов, петлями из проволоки ловили плавающие трупы, буксировали их на середину реки, привязывали к ним грузы и топили. Часть трупов была разнесена по пойме Оби. С мая по сентябрь сотрудники КГБ и милиции обследовали берега реки ниже города Колпашево. При обнаружении трупов их притапливали или зарывали в землю без обозначения мест захоронения.