Есть и большие сомнения, должно ли вообще падение астероида, даже столь масштабного, вызвать апокалипсис? На планету и до, и после рушились вполне сопоставимые каменюки, но они не оставляли на биосфере таких ужасающих шрамов. Например, в конце эоцена планету бомбардировала целая эскадра метеоритов-камикадзе, о чем свидетельствуют стокилометровый кратер Попигай в Якутии, восьмидесятипятикилометровый Чесапик Бэй и двадцатидвухкилометровый Томс Каньон на востоке США, пятидесятикилометровый Маунт-Ашмор в Тиморском море. И как-то пережили, никто особо и не заметил (на самом деле, некоторое вымирание было, но далеко не такое масштабное, как в конце мезозоя). Список, на самом деле, гораздо длиннее. Конечно, часть из известных кратеров могут быть не астероидными, а часть вполне можно привязать к сменам эпох, но привязки эти выглядят далеко не так впечатляюще.
С извержениями тоже не всё абсолютно логично. На протяжении только одного мела случилось не меньше шести мощнейших извержений, из которых мадагаскарское 86–90 млн л. н. было вполне сопоставимо с деканским, но ни одно из них не привело, однако, к вымиранию. Да и деканское суперизвержение началось за полмиллиона лет до вымирания, причём всё это время прямо по периметру трапповой области благополучно жили динозавры.
Да и вообще, колебания видового разнообразия случались несколько раз за мезозой, а последнее вымирание явно происходило не одномоментно, а длилось от десятка до сотни тысяч лет, а то и сильно больше, до десяти миллионов лет. Скажем, в Мексике основное сокращение динозавровых фаун произошло ещё в кампане сразу после осушения климата. В США в кампанских отложениях динозавры были примерно вдвое разнообразнее, чем в маастрихте. Примерно та же картина и с аммонитами в морях. Кроме того, примерно половина видов вполне успешно преодолела границу эр без особых изменений, причём некоторые роды и виды успешно пережили катастрофы в непосредственной близости и от Чиксулуба в Северной Америке, и от деканских траппов в Индии. Например, среди крокодилов формации Хелл Крик остались живы четыре вида из пяти (правда, это ещё зависит от того, как считать виды, но это дело систематиков, соотношение принципиально не меняется). Даже планктонные организмы под и над слоем с чиксулубскими тектитами выглядят подозрительно одинаково. Выходит, все вышеописанные ужасы могли способствовать вымиранию, но не были его главной причиной.
Одна из странных на первый взгляд проблем — определение границы мезозоя и кайнозоя. Логично, что, как и для подавляющего большинства стратиграфических границ, она должна бы проводиться в основном по морским планктонным организмам. В целом так и происходит, только есть незадача: разные специалисты, ориентируясь на свои критерии, в одной и той же колонке рисуют границу на несколько разных уровнях! Это с очевидностью показывает, что сверхчёткой границы нет и по определению не было. Время шло с той же скоростью, виды менялись не синхронно, так что степень условности неизбежна.
На практике за границу принимается исчезновение аммонитов, это удобно, но, очевидно, тоже является общепринятым допущением, тем более что аммониты вообще не обязаны были жить везде, сохраняться в каждом слое и вымирать во всех морях строго одновременно.
Не годится и принятие за искомую границу иридиевого слоя, ведь, во‐первых, он сохранился далеко не во всех разрезах, а во‐вторых, не совпадает с биостратиграфическими границами. Как обычно, идеальным решением было бы абсолютное датирование всего и вся, но это пока трудно технически.
И тут на первый план выдвигаются экологические взаимосвязи: понижение уровня океана, похолодание вкупе с увлажнением, появление цветковых и широчайшее распространение мелколиственных деревьев.