Внутренние членения собора не отвечают внешним. Благодаря широкой расстановке столбов в интерьере господствует высокое подкупольное пространство. Западные столбы стоят на пьедесталах. Пяты арок отмечены профильными карнизами из белого камня. Настенная живопись, выполненная впервые в 1824 и поновленная в 1887 и 1901 гг., забелена. Иконостас отсутствует.
Пластически сочная архитектура Алексеевского придела отвечает своему времени. Особенно интересен нарядный западный портал, обильно украшенный резными кирпичными деталями. Разностильные формы паперти отражают этапы ее переделок.
Комплекс Святых ворот, обращенный к бывшей дороге в Троице-Сергиев монастырь, сложился в XVII —XIX вв. Двухэтажное кирпичное здание вначале совмещало функции трапезной церкви с композицией надвратного сооружения. Выстроенный в 1672 г. нижний ярус с однопролетными воротами, сводчатыми чуланами и пекарней в 1685 — 1687 гг. завершила небольшая бесстолпная одноглавая Никольская церковь с развитой апсидой, трапезной и папертью. В 1834 г. к зданию примкнул с севера равновеликий ампирный придел, объединенный в 1852 г. с помещениями старой постройки арочными проходами. В результате две стены древнего храма были заменены столбами, устроено новое крыльцо. В 1887 г. Никольская церковь поверх лоткового свода получила завершение ложным куполом и новый барабан с главой. Несмотря на многочисленные переделки здания, на его фасадах видны остатки декора XVII в.: ряд мелких венчающих кокошников и килевидные оконные очелья. Внутреннее убранство утрачено.
Братские кельи в два этажа в основном сооружены из кирпича в последней трети XVII вв., верхний этаж частично деревянный. Здание изменено позднейшими ремонтами. От его прежних архитектурных форм сохранились наружные лопатки и карниз с поребриком. Под штукатуркой скрываются остатки срубленных наличников с фигурным тимпаном. Внутренняя планировка новая. Сводчатые перекрытия заменены балочными.
Двухэтажный кирпичный оштукатуренный Настоятельский корпус с коридорной системой в обоих этажах и лаконичными ампирными фасадами характерен для монастырского жилья первой половины XIX в.; выстроен, по-видимому, по “образцовому” проекту. Цоколь, подоконники и междуэтажный пояс — из белого камня, сильно вынесенный венчающий карниз — деревянный. Лишенные наличников окна ритмично членят гладкие плоскости стен. Во втором этаже есть угловые кафельные печи, на потолках — тянутые карнизы.
Духовное правление, смежное со зданием келий, самостоятельного значения в ансамбле монастыря не имеет. Небольшой двухэтажный краснокирпичный корпус выстроен по проекту П.А.Ушакова в 1902 г. на средства Е.С.Ляминой. Планировка основана на коридорной системе. В трактовке национальных форм сдержанной наружной обработки чувствуется влияние архитектуры модерна.
Не имевшая оборонного значения кирпичная ограда высотой около 4, толщиной 0,9 м, с четырьмя круглыми башнями по углам выстроена в 1685 — 1689 гг., неоднократно ремонтировалась. Кроме главных Святых ворот в южном прясле имеются вторые, передние, а в северном — задние ворота. В стены встроены жилой и административный корпуса. Однотипные башни под стропильными шатрами разделены сводом на два яруса. Скромная декорация кирпичными поясами и ширинками у южных башен дополнена ложными машикулями.