Реставрационные работы проводились по всей территории Софийского монастыря: в 1699 году началось восстановление главного собора с последующим строительством каменной колокольни и южной надвратной башни. В 1730 году завершилось возведение трапезной и Митрополичьего дома. С 1748 года обитель была защищена новой оградой, украшенной оригинальным сооружением — брамой, названной в честь тогдашнего митрополита Рафаила Заборовского. Еще через 20 лет софийская братия переселилась во вновь отстроенный двухэтажный корпус келий, впоследствии названный бурсой.
Возрождение древней святыни связано с именем отца Рафаила, назначенного киевским митрополитом в 1731 году. Владыка не нуждался в представлении: слава о его добродетелях давно достигла Малороссии, причем в похвальных отзывах не наблюдалось лести или преувеличения. Карьера нового главы киевской епархии началась с должности обер-иеромонаха флота Петра Великого. Известны связи Заборовского с А. Д. Меншиковым, который, очевидно, хлопотал о назначении своего духовного наставника сначала архимандритом в Тверь, а затем епископом во Псков. Проведя значительную часть жизни в Санкт-Петербурге, митрополит проявлял удивительную заботу о Киеве: «Сей рачительный, добродетельный, любезнейший муж возобновил строение Киевобратских школ, прибавив к ним прекрасную готическую архитектуру, возвел церковь для студентов, потратив на сие знатную часть своего капитала. Он завел в академии учение еврейского, греческого и немецкого языков. Его же стараниями окончено устроение дома в кафедральном монастыре.
Около сей обители сделана каменная ограда на 448 сажен с каменною колокольнею над святыми воротами».
В 1747 году, к великому сожалению киевской паствы, митрополит скончался и был погребен в склепе Софийского монастыря. По слухам, его тело много лет сохранялось нетленным.
Романтичные литераторы рассматривали обновленный Софийский собор как проявление любви Заборовского к Киеву: «Митрополит неусыпно прилагал старание о возобновлении храмов божьих, особливо же храм Софийский занимал его внимание, в котором он по большей части собственным иждивением новый, превосходной работы устроил иконостас, резным и живописным искусством поражающий». На роскошное сооружение с позолоченными и посеребренными деталями врат была израсходована крупная сумма, пожалованная лично митрополиту Екатериной II во время ее путешествия по Малороссии в 1744 году.
Преемники Заборовского, не проявляя столь ревностной любви к Киеву, все же пеклись о благоустройстве кафедрального монастыря. В северной его части были построены каменные кельи, которые позже заняли воспитанники Софийской бурсы. Прямоугольное, сильно вытянутое в плане двухэтажное строение имеет три входа, справа и слева от которых размещаются большие залы. Оба его фасада обработаны пилястрами коринфского ордера, поставленными на высокие постаменты. Расположение пилястр отвечает внутренней планировке корпуса. Большие окна с выгнутой перемычкой и дугообразные фронтоны характерны для архитектуры 1750-1760-х годов; тамбуры у входов пристроены намного позже. Размеренный шаг пилястр, а также большие окна с фронтонами создают спокойный ритм, отчего культовая постройка напоминает обычный светский дом.
Возведенная по чертежам «учеников архитектуры 3-го класса» М. Юрасова и Ф. Попова, бурса напоминает о творчестве знаменитого киевского зодчего Григоровича-Барского, во всяком случае именно его манеру отличали вышеперечисленные свойства.
Облик Митрополичьего дома, напротив, вызывает в памяти претенциозные жилища казаков — старшинские каменицы. Вначале одноэтажное, здание постепенно увеличилось еще на два уровня за счет полноценного этажа и фронтонов с окнами. Расположение трех его частей таково, что главный фасад выглядит длиннее и выше по сравнению с узкими приземистыми ризалитами. Повторяя неприхотливый интерьер украинской хаты, пространство между выступами также разделяется на половины. Внутренние помещения Митрополичьего дома оформлял бесфамильный мастер Иван.
Его росписи всего лишь оживили интерьер, тогда как истинное творчество проявилось в декоре фасада, выполненном неизвестным, хотя, несомненно, местным художником. Большой горизонтальный пояс изначально служил венчающим карнизом, разделявшим здание по горизонтали. Широкие, редко расставленные лопатки, различная обработка окон, покрытые живописью фронтоны сформировали облик постройки, признанной одним из лучших образцов раннего украинского классицизма.