«Однажды произошла катастрофа. Как-то утром Ширшов на работу не явился. Я звонил ему на квартиру, на дачу – никто к телефону не подходил. Подумал: «Наверное, заболел».
Во время обеденного перерыва внезапно в кабинет буквально ввалился нервно взбудораженный, с трясущимися руками Пётр Петрович. Глухо рыдая, упал на кожаный диван и залился следами.
– Что случилось? – подбежал я к нему.
Он продолжал рыдать, его начал трясти озноб…
– Страшно, непостижимо, невероятно, не могу поверить. Мою жену сегодня ночью на даче арестовали сотрудники НКВД…После её ареста мне было предложено прямо ехать в Парткомиссию ЦК, к её председателю Шкирятову. Он с ходу предложил мне написать заявление, что я отказываюсь от своей жены в связи в её арестом за спекуляцию, иначе меня исключат из партии и снимут с работы… Я знаю, что она невиновна, буду бороться и ждать её». (Афанасьев, 2003).
Целый год нарком не знал, где его красавица-жена. Целый год он бился головой о глухую стену. «Мы найдем ему другую жену» – было решение самой высокой инстанции – Сталина. Ширшову показали протоколы допроса, где жена признавалась, что была английской шпионкой и специально осталась в 1941 году в Москве, чтобы дождаться немцев.
Вновь слово А.А. Афанасьеву:
«Продолжу рассказ о Петре Петровиче Ширшове. При встрече с ним я был крайне поражён его состоянием: он сильно похудел, постарел, имел вид тяжело больного человека. Нервы совершенно сдали, рассказывая, он часто кусал губы. Увидев меня, Ширшов искренне обрадовался. Мы обнялись, как старые друзья, товарищи.
– Наконец, дождался тебя. Рад передать тебе Министерство морского флота. Я тяжело болен, Саша, и больше у меня нет сил, – сказал он только. – Уйду в науку, там мне будет спокойнее. Может, восстановлю здоровье.
– Поделись, легче станет. Что тебя продолжает волновать? Что слышно о жене? Как дочурка? Здорова, растёт?
– Абсолютно ничего узнать о жене не смог, хотя только для этого остался на должности министра, считая, что, может быть, Берия, видя мои переживания и состояние, рано или поздно вернёт её мне. Просил его, писал о помиловании Сталину. Но безрезультатно – он не пожелал видеть меня. Дочурка растёт, славный ребёнок. Ждёт маму…
Пётр Петрович помолчал немного, а потом, подойдя вплотную ко мне, тихо и с большой горечью добавил:
– Саша, мне очень тяжело, я смертельно болен. У меня рак – я скоро уйду из жизни. Что будет с женой, дочуркой – не представляю.
Он быстро подошёл к столу, вынул таблетки, высыпал в ладонь несколько и проглотил, запивая минеральной водой». (Афанасьев, 2003).
Таким образом, в 1947 году Ширшова сняли с поста министра морского флота. Сняли за жену, от которой он не захотел отрекаться. Хотя официально инкриминировали развал работы, плохой подбор кадров и прочее. Пётр Петрович остался только директором созданного им Института океанологии.