После представления А.А. Афанасьева в качестве министра членам коллегии Минморфлота, Берия пожелал пообщаться с Ширшовым:
Афанасьев был удивлён согласием Ширшова, однако тот объяснил свой поступок желанием скорее узнать, где его жена. Но на новой работе ничего о супруге не выяснил, болезнь прогрессировала, он перестал выходить из квартиры, считал, что все его забыли.
Выполняя просьбу Петра Петровича, Афанасьев узнал, где находится на поселении его жена, и помог добраться туда её матери. По возвращении та со слезами рассказала, что Евгения сильно простудилась и умерла у неё на руках. Перед смертью она призналась, что на одном из приёмов в Кремле её, молодую и красивую актрису, увидел и стал домогаться Берия. Получив отпор, велел Абакумову сфабриковать дело и арестовать непокорную.
…Но жизнь продолжалась. Богатый практический опыт Ширшова привёл его к мысли о необходимости создания фундаментального научного труда по транспортно-географической характеристике Арктики. Он сам с увлечением взялся за эту работу, привлекая к сбору материалов сотрудников Института океанологии, Арктического института, Минморфлота. За несколько дней до своей кончины он продиктовал секретарю первые страницы этой монографии.
Большую научно-организационную работу вёл Ширшов в Академии наук. Он возглавлял ряд комиссий, которые разрабатывали важные проблемы наук о Земле. Можно назвать Океанографическую комиссию, Тихоокеанский национальный комитет, Гидробиологическое общество. В 1949 году его избрали заместителем академика-секретаря Отделения геолого-географических наук АН СССР.
Вспоминает Е. М. Сузюмов:
Ширшова всё больше интересует экономическая сторона развития Севера. Пётр Петрович вникает в проблемы ледовой разведки, флота, способного работать во льдах Арктики, комплектации караванов судов, идущих Северным морским путём, размышляет над строительством меридиональных железных дорог от Транссиба к судоходным участкам рек Лены, Индигирки и Яны.