При Е.К. Фёдорове сеть станций начала быстро расширяться. Многие из них располагались в труднодоступных местах – на горных хребтах, ледниках, необитаемых островах, в пустынях, Появились новые научно-исследовательские институты, центры сбора оперативной гидрометеорологической информации и прогнозов. На ряде станций ввели радиозондирование атмосферы до высот 20–30 километров. Началось составление карт барической топографии, что повысило надёжность прогнозов погоды.
Фёдоров быстро разобрался в сложном хозяйстве Гидрометслужбы. Было запланировано и началось строительство заводов для производства приборов. При этом акцент делался на создание автоматических метеостанций. Разрабатывался перспективный план развития гидрометеорологической сети станции и постов.
Но с началом Великой Отечественной войны всё народное хозяйство было перестроено на военный лад. Гидрометслужбу подчинили Народному комиссариату обороны, многие её работники стали военными. Фёдоров получил звание бригадного инженера, а позднее генерал-лейтенанта. При фронтах и армиях создавались подразделения по гидрометеорологическому обеспечению военных отраслей, изучалась проходимость различных типов местности для механического транспорта.
В связи с тем, что из западных районов СССР, захваченных врагом, перестала поступать информация о погоде, срочно изыскивались другие источники. В тылу противника сбрасывались на парашютах автоматические метеорологические станции. В Москве было организовано специальное КБ по созданию новых станций и приборов, в Свердловске, Москве и Ташкенте открыты заводы гидрометеорологического приборостроения. На базе эвакуированного из блокадного Ленинграда морского отдела Гидрологического института в Москве создали Государственный океанографический институт (ГОИН) для обслуживания военных операций на морях.
Во время войны в полной мере проявился талант Е.К. Фёдорова, как большого организатора науки и оперативной деятельности. Об этом свидетельствуют его боевые награды: два ордена Отечественной войны и орден Кутузова. После изгнания захватчиков Фёдоров занялся восстановлением гидрометсети на освобождённых территориях. Ему приходилось часто встречаться и вести дела с представителями дипломатических миссий наших союзников: бывать на приёмах, обмениваться научной литературой, принимать специалистов этих стран, договариваться об обслуживании авиационных перелётов с правительственными делегациями. Один такой пример из воспоминаний И. Д. Папанина:
В сентябре 1945 года Гидрометслужбу передали из Министерства обороны в ведение Совета Министров СССР. Тогда же Фёдорова избрали председателем Антифашистского комитета советской молодёжи, и он стал одним из инициаторов создания Всемирной организации демократической молодёжи.
В 1946 году Евгения Константиновича удостоили Сталинской премии по науке. Он возглавил советскую делегацию на международной метеорологической конференции в Женеве. Но параллельно готовилась очередная волна репрессий. По указанию министра Госконтроля Мехлиса в Главное управление Гидрометслужбы была послана комиссия с определённой задачей. В сути научной и оперативной работы она не разбиралась, а состряпала заключение о связи с иностранцами в годы войны. После трёх снятых с высоких должностей папанинцев остался последний – начальник Гидрометеослужбы при Совете Министров СССР Е.К. Фёдоров. Самый молодой из них, образованный, интеллигентный человек, генерал-лейтенант.
Однажды А.А. Афанасьев, начальник Главсевморпути, пришёл в приёмную Совета Министров СССР. В ожидании приглашения на заседание он сидел среди коллег. Приёмная была большая, люди вели себя свободно, разговаривали. Все стулья заняты. И только около сидящего Е.К. Фёдорова с двух сторон были свободные места. Вошёл в приёмную министр внутренних дел Круглов, сделал общий поклон и тоже отскочил от Фёдорова.
Слово А. А. Афанасьеву: