Фёдорова, к счастью, не посадили, но в октябре 1947 года состоялся суд чести, который объявил Евгению Константиновичу выговор за антигосударственные и антипартийные поступки. Суд чести режиссировал сам Мехлис, он же инструктировал членов суда. Обвиняемый был снят с должности начальника ГУГМС и лишён генеральского звания. На совещании в связи с вступлением в должность нового начальника Гидрометслужбы В.В. Шулейкина Мехлис выступил с погромной речью в адрес Фёдорова.
Через месяц Евгений Константинович перешёл в Академию наук СССР и был назначен заведующим лабораторией атмосферного электричества Геофизического института. Он с головой погрузился в подготовку экспедиции на Кавказ с целью изучения физики облаков. Склоны Эльбруса и других вершин Главного Кавказского хребта являлись естественной лабораторией для изучения физики атмосферных процессов в горах, баланса ледников, механизма возникновения снежных лавин.
В 1934-41 годах на Эльбрусе работала Комплексная высокогорная экспедиция Академии наук СССР и ВНИИ экспериментальной медицины. Фёдоров решил восстановить прерванные войной исследования. Он запланировал создать здесь постоянный научно-исследовательский центр, включающий геофизическую обсерваторию и несколько станций на различных высотах. Все строительные материалы и оборудование приходилось возить из Нальчика в Терскол на грузовиках, а дальше – на вьючных лошадях и в рюкзаках. Как и все сотрудники, Фёдоров жил с женой и дочкой в палатке и регулярно поднимался с тяжёлым рюкзаком на склоны Эльбруса и Терскола. Сборно-щитовой домик в центральной обсерватории он получил одним из последних. Из мебели в нём были лишь письменный стол и две раскладушки.
Работая в Приэльбрусье, Фёдоров уделял большое внимание подбору кадров. Так, ему приглянулся студент Кабардино-Балкарского университета М.Ч. Залиханов, проходивший в экспедиции производственную и преддипломную практики. Залиханов быстро защитил кандидатскую диссертацию по гляциологии, а затем – докторскую, по физической географии. Позднее он стал директором Высокогорного геофизического института, академиком, Героем Социалистического Труда. В настоящее время Михаил Чоккаевич является депутатом Государственной Думы РФ четвёртого созыва.
В экспедиции Евгений Константинович многое делал своими руками, владел топором, рубанком, молотком, лопатой. Он не агитировал, не призывал к делу других, а просто сам брался за черновую работу. Его личный пример импонировал подчиненным, особенно молодёжи. К 1952 году была пущена обсерватория «Эльбрус» и постоянные станции «Приют одиннадцати», «Ледовая база» и «Пик Терскол».
Вскоре Фёдорова назначили начальником Геофизической комплексной экспедиции Геофизического института в Москве, в которую Эльбрусская экспедиция входила как структурная часть. Теперь ему приходилось выезжать на Памир и Тянь-Шань, но о Кавказе он не забывал. Фёдоров любил эти места, здесь он возвратился к творческой деятельности после тяжёлой моральной травмы.