После поражения в Швейцарии анабаптизм нашел благоприятную почву в Южной Германии и в Тироле. Горнорабочее население Тироля являлось прекрасным материалом для проповеди социального переустройства на благо неимущим. Однако классовое самосознание горнорабочих не было настолько развито, чтобы они попытались восстать против своих эксплоататоров и основать на своей земле власть трудящихся. Когда гонения на тирольских анабаптистов со стороны австрийских властей приняли широкие размеры, их братства устремились на поиски «обетованной земли», где нм была бы предоставлена беспрепятственная возможность жить свободно. Такой новой «обетованной землей» для них явилась Моравия. Слабость государственной власти в этой стране, привычка к веротерпимости и заинтересованность феодалов в привлечении на свои земли трудолюбивых поселенцев, — все это создало благоприятные условия для переселения тирольских анабаптистов в Моравию. Приток их начался еще в 1526 году, но своего апогея переселение достигло в период с 1529 по 1533 год. Здесь переселенцы перешли к осуществлению на практике своих коммунистических воззрений. В общинах моравских братьев потребление было организовано на коммунистических началах (общие столовые, кухни и т. д.), а также и производство до известной степени было подчинено общественной организации.
Промышленная и сельскохозяйственная работы производилась прежде всего для удовлетворения потребностей общины.
Общины моравских анабаптистов просуществовали долго — более ста лет — и многие из них развились до цветущего состояния. Но по мере роста своего богатства они утрачивали свои первоначальные коммунистические принципы, переходили к найму рабочих со стороны, подвергавшихся не меньшей эксплоатации, чем у любых других предпринимателей.
Тирольские анабаптисты попытались провести в жизнь свои идеи, не вступая в бой с государством и господствующими классами: для этого у них нехватало сил и смелости.
Иной путь был пройден южногерманскими «братьями»; их кратковременная, но отважная борьба за установление нового, «справедливого» общественного порядка смертельно испугали имущие классы всей Германии и надолго осталась в памяти эксплоататоров как грозное событие, свидетельствующее о преходящем характере их власти и их благополучия. Южногерманское анабаптистское движение развивалось главным образом в больших городах, где городские низы легко поддавались коммунистической пропаганде. Анабаптизм здесь на самых первых порах стал вызывать большие опасения у власти, и уже знакомый нам доктор Экк писал в 1527 году герцогу Георгу Саксонскому: «Эта секта возбуждает сильные опасения, и… от нее надо ждать большего вреда, чем от недавнего крестьянского восстания, ибо она коренится в городах».
Первоначально одним из главных центров южногерманского анабаптизма был Страсбург — город с сильно развитым ткацким производством. Среди сектантов передавалось пророчество о том, что в 1533 году в Страсбурге произойдут необычайные события и в нем будет основан «новый Иерусалим» под властью анабаптистов. Но правительство и городские власти Страсбурга оказались слишком сильными, а сектанты — недостаточно решительными для активных выступлений, и 1533 год прошел без каких-либо происшествий. Тогда распространилось сказание о том, что господь отказался от Страсбурга за его неверие и избрал на его место Мюнстер, который и будет «новым Иерусалимом». После нескольких лет борьбы с епископской властью и имущими классами Мюнстера анабаптисты при поддержке городской бедноты в 1534 году захватили власть в городе и основали в нем новое государство, в котором были введены некоторые коммунистические начала: трудовая повинность для всех граждан, экспроприация некоторых орудий производства и предметов потребления и пр.
Революционное движение здесь настолько созрело, что, отбросив обычные непротивленческие тенденции анабаптизма, организовало твердую власть, опиравшуюся на террор для борьбы с внутренними и внешними врагами. Шестнадцать с половиною месяцев просуществовала Мюнстерская коммуна. Епископ оказался слишком слабым, чтобы победить ее.
Германский рейхстаг вынужден был объявить осаду Мюнстера общегосударственным делом и для скорейшего ее окончания установить специальный налог: так напуганы были правящие классы этой мощной вспышкой революционных настроений городских низов. После героической защиты Мюнстер пал, и это было последним большим революционным событием эпохи реформации.
В то самое время, когда тирольские сектанты массами уходили в Моравию, а мюнстерцы захватили власть в свои руки, Теофраст закончил свои аппенцельские скитания и возвратился от проповеднической деятельности снова к врачебному искусству. Он, очевидно, примирился со своей неудачей на поприще религиозного проповедничества, а голодная нищенская жизнь опостылела ему. Он говорил, что «стал прямо-таки без всяких средств, нищенски беден и должен был вернуться к врачебной практике, чтобы кое-как перебиваться».