Студенты в первую очередь должны были обличать ересь и устранять влияние монахов нищенствующих орденов, которые в изобилии бродили по Парижу. На университет тут же ополчились епископы и аббаты. Свободомыслие Сорбонны проявилось уже в дни ее основания. Именно здесь, в образованной среде людей, собравшихся со всей Европы, формировалась мысль нового тысячелетия, рождались идеи и учения, определившие ход европейской мысли на века вперед. Антиклерикальные и бунтарские настроения Сорбонны проявились уже в дни ее основания.
Учреждение университета способствовало выдвижению столицы Франции на первое место среди городов Европы, как и постройка собора Парижской Богоматери, и обильные доходы городской казны от речной торговли. Мнивший себя главным конкурентом Рима, Париж завидовал влиянию папского престола. Мощь Рима составляла власть политическая, опиравшаяся на богословие, а Париж возвысился благодаря власти мирского интеллекта, главным образом бурлившего вокруг холма Святой Женевьевы.
Увеличивалось и количество образованных ремесленных мастеров, проживавших в определенных районах города, в отличие от безграмотных ремесленников, чьи лавки были беспорядочно разбросаны по всему Парижу. Мастера, объединившиеся в гильдии, расселились вокруг учебных заведений и монастырей — так формировалась городская среда. В Париже XIII века было более 120 гильдий, в которых состояло более 5000 членов, обучавших помощников или учеников и производивших товары от пива до ножей. Гильдии иногда делились на подразделения — например, одно подразделение отвечало за брожение хмеля, другое — за продажи и развоз. Карманники, разбойники и попрошайки создали собственные гильдии, очень походившие на ремесленные.
В XIII веке в университете существовало четыре факультета: богословский, церковного права, медицинский и гуманитарных наук. Студентов поделили на «нации». Студентами «Франции», помимо французов, считались испанцы и итальянцы; «Англии» — англичане и немцы; «Пикардии» — жители Голландии, Фландрии, Фламандии и Люксембурга.
Университет стал прибежищем молодых и умных шалопаев, часто вступавших в конфликт не только с простыми парижанами, но и с властями столицы. О горожанах студенты отзывались презрительно, прозвали их «Жак-Простак». Кличка намекала на то, что все горожане глупы и необразованны.
Первые известные историкам студенческие волнения зафиксированы в 1229 году в пригородной таверне из-за высоких цен на вино. Возмущенные клирики были сильно биты соседями хозяина таверны, сбежавшимися ему на выручку. Школяры вернулись на следующий день, вооружившись чем попало и прихватив товарищей. Драка переросла в уличное сражение, охватившее весь район. В конце концов вмешались королевские гвардейцы, были убиты и покалечены многие студенты. Возмущенные студенты и преподаватели на время покинули город. Конфликт удалось уладить лишь после того, как власти обещали университету защиту.
Студентов с трудом, но терпели: все-таки они везли в город деньги и поднимали престиж Парижа в Европе. Летописец Жак де Витри, видимо страдавший ксенофобией, жаловался, что утомлен иностранными лицами и манерами, встречавшимися по всему Парижу, особенно вокруг университета на левом берегу Сены.
В Сорбонне было образовано «Сообщество нуждающихся студентов-богословов», первый студенческий профсоюз. Теперь учащиеся могли не только активно овладевать знаниями, но и непосредственно участвовать в организации учебного процесса. Правда, обладая только совещательным голосом. Учились в Сорбонне 10 лет и за это время так успевали сродниться с преподавателями, что становились одной большой шумной семьей.
На стороне Сорбонны были короли, папы и аристократия. Александр IV (1259), Урбан IV (1262) и Клемент IV (1268) убеждали французских епископов поддерживать это учебное заведение ради благоденствия христианского мира, потому что выпускники Сорбонны составляли цвет французской образованности. Зато студентов не любили монахи, военные, ремесленники, бродяги. Поэтому школяры расхаживали вне университетских стен группами — так было безопаснее.
В Сорбонне были установлены правила, предписывавшие определенный стиль одежды и поведения, но они существовали больше на бумаге. Студенты вели такой бесшабашный образ жизни, что к канонику частенько являлись посыльные от ремесленных цехов с жалобами на бесчинства молодежи.
В 1625 году кардинал Ришелье поручает архитектору Лемерсье перестроить здания университета. Работы были закончены в 1642 году. От этих зданий сохранилась только капелла, купол которой с четырьмя звонницами создан под влиянием итальянской архитектуры.
Внутри капеллы, украшенной фресками Филиппа Шампаня, находится гробница кардинала Ришелье.
Долгое время Парижский университет был крупнейшим в Европе учебным заведением и научным центром теологии и юриспруденции. Во времена Революции решением Конвента университет был закрыт, а в начале XIX века восстановлен на новой основе — как высшая школа, включающая естественные и гуманитарные факультеты.