Вполне вероятно, что, когда командование Красной армии решило отвести войска к горам Кавказа, не пытаясь остановить противника между Ростовом и горами, были разработаны соответствующие планы и для партизанского движения. Жертвуя пространством ради сохранения целостности своих сил (и не учитывая деморализующего влияния стремительного отступления), Красная армия должна была достичь гор без значительных потерь и закрепиться там. Были отданы приказы о формировании партизанских отрядов в каждом районе (обычно на основе местных истребительных батальонов, создававшихся при активном участии НКВД). Отряды получали указания собираться на северных склонах и в предгорьях Кавказа, где в соответствии с планом обороны каждый партизанский отряд должен был занимать определенный сектор в тылу у немцев. Отнюдь не все отряды превратились в сплоченные группы и успешно выдвинулись на юг; кроме того, созданные в городах отряды, в соответствии с полученными указаниями, были оставлены в большинстве городов и крупных поселков. Но в Краснодарском крае партизанам все же удалось достичь «нейтральной» прифронтовой полосы, которая проходила вблизи от Большого Кавказского хребта. Ситуация в Ставропольском крае не столь ясна, хотя, видимо, там все происходило по той же схеме. Действия партизан должны были преследовать двоякую цель: как и в других местах, нарушение транспортного сообщения и коммуникаций в тылу противника и оборона горных участков фронта, где ни у советской, ни у немецкой армии не было достаточных сил для ведения боевых действий.
В этом регионе особенностью организации была так называемая кустовая система – находившийся в советском тылу южнее проходившего в горах фронта целый ряд штабов, контролировавших действия нескольких партизанских отрядов из одного и того же или из прилегающих друг к другу районов. Именно такие кусты представляли собой промежуточное звено между внешними и внутренними органами управления партизанскими отрядами. Они получали приказы от высшего органа управления партизанским движением в этом регионе, которым являлся Центральный штаб партизанского движения юга, руководивший партизанами на Северном Кавказе, в Калмыцкой АССР, в Астраханской области, а также, видимо, в Сталинградской области и в Крыму. В качестве территориального органа командования, подчиненного высшему партизанскому командованию в Москве, Центральный штаб партизанского движения юга действовал аналогично центральным штабам партизанского движения в таких регионах, как Белоруссия и Украина.
Активность местного населения по вступлению в партизанские отряды, создаваемые до начала немецкой оккупации и во время ее, была на удивление низкой. В ряде районов партизанские группы так и не были организованы; многие из созданных групп распались, так и не начав партизанских действий. В регионе, где географические условия давали возможность скрываться от советских властей, а политическая атмосфера определялась национальными чаяниями горских народов, особым укладом жизни казаков и повсеместным, поразительно устойчивым проявлением пораженческих настроений, к моменту появления немцев в августе 1942 года существовали сильные антисоветские настроения, как среди славян, так и среди неславянских народностей. В результате находившееся в зачаточном состоянии партизанское движение не получало запасов продовольствия и подкрепления людьми. Большинство партизанских отрядов, которым надлежало увеличить свою численность до размеров рот, насчитывали всего от тридцати до семидесяти пяти человек, отобранных еще при формировании отрядов, и перспективы увеличения их численности были крайне туманными.
Советское Верховное командование уделяло мало внимания партизанам Северного Кавказа. Отчасти по причине слабости и провалов партизан, отчасти в силу нехватки людских и материальных ресурсов в период Сталинградской битвы (и, по всей видимости, при подготовке к обороне перед ожидаемой попыткой немцев проникнуть в Закавказье) советская сторона практически не предпринимала попыток укрепить партизанское движение. По тем же причинам, а также в силу климатических и географических условий было ограничено до минимума и использование авиации. Более того, многие партизанские отряды, явно по приказу высшего советского командования, до ноября или декабря 1942 года не проявляли особой активности в районах к югу от линии фронта, куда они отступили еще до или сразу после появления немцев на Северном Кавказе. Они не сумели в должной мере воспользоваться существовавшими в горах Западного Кавказа и на «ничьей» земле в Калмыцкой АССР большими брешами на линии фронта, через которые могли бы просачиваться крупные партизанские силы.