Командование тыла жаловалось на нехватку войск для ведения постоянной борьбы с партизанами. 7 ноября 1942 года начальник тыла группы армий «Центр» категорично заявил, что большая часть его войск «привязана» к линиям коммуникаций и что имеющимися в его распоряжении силами невозможно разгромить партизан. Примерно в то же самое время начальник тыла 2-й армии отмечал, что проведение операций против партизан находящимися под его командованием силами вряд ли возможно. Большинство подчиненных ему войск осуществляли охрану шоссейных и железных дорог общей протяженностью 899 километров. Эта же причина выдвигалась в качестве объяснения возрождения партизанского движения в районах проведения крупных антипартизанских операций. В отчете за 1943 год говорилось, что различные мелкие и крупные операции против партизан не смогли остановить усиления их влияния. Постоянная оккупация районов, где был наведен относительный порядок, оказывалась невозможна ввиду нехватки войск.
«В силу этого после прекращения операций партизаны имели возможность вновь оккупировать занимаемые ими ранее районы, делая тем самым успех этих операций иллюзорным… Отвод войск, пусть даже временный, из районов, где удавалось навести порядок, приводил к их повторной оккупации партизанами».
Командование тыла также выражало протест против постоянно осуществляемой переброски сил, находившихся в его распоряжении. Командование тыла 2-й танковой армии немцев отмечало, что постоянные изменения в составе находящихся под его командованием войск резко ограничивает возможности борьбы с партизанами. Начальник тыла указывал, что не проходит и месяца, чтобы не осуществлялась переброска подразделений, несущих охрану железных дорог, и добавлял, что временный отвод пехотной дивизии помешал проведению одной из крупных операций против партизан. Он выражал мнение, что выделенные для борьбы с партизанами войска должны хорошо знать местность, а постоянные замены подразделений крайне негативно сказываются на эффективности действий немецких войск.
Среди других упомянутых в этом же донесении негативных факторов отмечался высокий средний возраст личного состава подразделений, направляемых для борьбы с партизанами, который составлял 35 лет. Слабая подготовка солдат и нехватка военной техники также существенно снижали боеспособность этих войск.
Нехватка времени для полного завершения крупных операций также выдвигалась в качестве причины невозможности нанести решающее поражение партизанам. Об этом, в частности, сообщалось в докладе об операции Freischuetz, которая была «завершена» за девять дней. В докладе утверждалось, что прорывы противника можно было предотвратить, если бы при очистке от партизан окруженной территории от войск не требовали столь быстрого продвижения.
Часть вины за провал крупных антипартизанских операций следует возложить на применявшуюся немцами тактику уничтожения захваченных в плен партизан и эвакуации большого числа гражданских лиц из наводненных партизанами районов. Подобные действия, несомненно, существенно снижали число потенциальных перебежчиков. Этот фактор открыто признавался в донесении 221-й пехотной дивизии от 3 декабря 1942 года, в котором критиковалась практика отказа обращения как с дезертирами с теми партизанами, которые покинули свои отряды сразу, до, во время или после боя. В донесении подчеркивалось, что данные дезертирам обещания должны выполняться при любых обстоятельствах, тем самым подразумевалось, что в прошлом эти обещания выполнялись не всегда.
Негативное влияние подобных методов на немецкую пропаганду очевидно. Во время проведения операции Freischuetz, например, было сброшено около 500 000 листовок с призывом сдаваться, а дезертировали всего лишь шесть партизан. В донесении указывались недостатки подобных листовок: они не учитывали психологической атмосферы в партизанских отрядах и не могли использоваться в качестве пропусков. Во время операции Nachbarhilfe дезертировали всего 24 партизана, хотя моральное состояние партизан оценивалось совсем не высоко. На важность нормального обращения с дезертирами указывалось и в отчете об операции Zigeunerbaron, в ходе проведения которой дезертировали 869 партизан. В отчете одобрительный отзыв получило использование 840 000 листовок с призывом о сдаче и указывалось, что содержавшееся в них письменное обещание не расправляться без разбора со всеми партизанами способствовало увеличению количества дезертировавших.