Основной и самой простой задачей, с которой сибирские партизаны справлялись наиболее успешно, была их боевая деятельность на Сибирской железнодорожной магистрали. Протяженность дороги от ст. Маньчжурия (пограничный железнодорожный транзитный пункт в Северо-Восточном Китае) до Омска превышала 4500 км. Из них половина пролегала в районах мощного повстанческо-партизанского движения. При этом тактические условия местности благоприятствовали налетам, порче пути и т.д.
Белогвардейское командование было чрезвычайно озабочено организацией надежной охраны дороги: был разработан обстоятельный проект создания на всем пути целой системы инженерных фортификационных сооружений. Но, как свидетельствуют документы, это нисколько не мешало партизанам срывать работу дороги, даже не имея взрывчатки. Сжигание деревянных мостов, спиливание телеграфных столбов, унос путевого инструмента, увод специалистов, захват глухих разъездов, устройство крушений путем развинчивания рельсов, обстрелы поездов и т.д. – все это было не менее эффективными средствами дезорганизации тыла противника. На практике партизанские действия лишили возможности переброски к Деникину остатков колчаковской армии.
И все же основным содержанием военных действий партизанских войск была борьба с периодически предпринимавшимися в глубь уездов карательными экспедициями белых. Здесь ими применялись те же принципы стратегии сокрушения, которыми они пользовались в борьбе против Красной Армии. Войска вели наступление с целью уничтожения партизан, прочесывали районы, далее следовали занятие – захват определенных пунктов, их временная оккупация, оборона. Красные партизаны противопоставляли этой изжившей себя в условиях борьбы в тылу стратегии сокрушения гибкие формы вооруженной борьбы: измор, борьбу на истощение и дезорганизацию тыла. В последнем самым важным было не стремление во что бы то ни стало уничтожить живую силу противника, а лишение его источников сил и средств. Во все времена это было одной из главных задач партизан.
Было бы неправильно представлять партизанское движение в Сибири в период борьбы с Колчаком как единое по классовому составу, по социально-экономическим и политическим устремлениям. Неодинаковым было политико-моральное состояние партизанских частей, и лишь благодаря заслугам подпольных организаций, усилиям политических органов 5-й армии удалось избежать партизанщины. Вышедшие на соединение с Красной Армией партизанские полки и отряды в регулярные части сразу не включались и в боевые порядки не вводились. Они направлялись в запасные полки в глубокий тыл, где, как правило, расформировывались. То была реакция на печальный опыт использования повстанцев-партизан на юге, приведший к махновщине, григорьевщине и дорого обошедшийся Южному фронту.
Во время боев за освобождение Украины махновцы были ценными союзниками Красной Армии. Но за каждым их соглашением с большевиками следовало отступничество, если не сказать предательство. Не случайно на VIII конференции РКП(б) все повстанческое движение на Украине было охарактеризовано как «полупартизанство, полубандитизм».
Партизанскую махновщину не без основания считают политическим и экономическим порождением украинской деревни, хотя правильнее было бы ее рассматривать в сфере отношений крестьянства и власти. В ходе Гражданской войны авторитет государства в украинской деревне катастрофически падал по мере смены Советской власти – Радой, Рады – гетманщиной и немецкой оккупацией, немецкой оккупации – французской, белооккупационной власти – Советской властью, Советской власти – атаманщиной и деникинщиной. Переполнило эту чашу терпения стремление большевиков непременно привести кратчайшим путем деревню к социализму. Но надежды на то, что «крестьянство должно было спасти государство, пойти на разверстку без вознаграждения», не оправдались. И без этого крестьянское повстанчество рассматривали как мелкобуржуазную контрреволюцию, как пособников врага, угрозу диктатуре пролетариата. Это в конечном счете и предопределило и место партизанской махновщины в гражданской войне, и отношение к ней большевиков.
Тогда же, на рубеже 1918 – 1919 гг., партизанское войско Н.И.Махно резко отличалось от других повстанческих отрядов. Нестора Махно сравнивали со Степаном Разиным, Емельяном Пугачевым. Да и сам он видел себя в истории в одном ряду с этими вождями крестьянских восстаний.
Для того периода создание партизанских отрядов под имя командиров было типичным явлением. Многие партизанские формирования объединялись не столько идеей, воинской дисциплиной, сколько симпатией к своим командирам, тому или иному «батьке». Именно популярность Махно среди крестьянства, его удачливость, личная бесшабашность, отчаянная смелость и дерзость позволили ему создать наиболее сильную, самую многочисленную, 40-тысячную, повстанческую армию.