Напомним, что начало их созданию положили постановление СНК от 24 июня 1941 г. «Об охране предприятий и учреждений и создании истребительных батальонов» и постановление Политбюро ЦК ВКП(б) от того же числа «О мероприятиях по борьбе с диверсантами и парашютистами». Управление истребительными батальонами, их боевая подготовка, оперативное использование в борьбе с вражескими парашютными десантами и диверсантами возлагались на НКВД СССР и его местные органы. В НКВД СССР был образован штаб истребительных батальонов, а в НКВД-УНКВД Карело-Финской, Украинской, Белорусской, Эстонской, Латвийской, Литовской, Молдавской ССР, западной части Грузинской ССР, Крымской АССР, Ленинграда и Ленинградской области, Мурманской, Калининской, Ростовской областей и Краснодарского края – оперативные группы. Начальниками истребительных батальонов назначались оперативные работники НКВД, командный состав пограничных и внутренних войск, оперативные работники милиции.
Вопросы создания истребительных батальонов обсуждались на заседаниях бюро ЦК компартий республик, обкомов, горкомов, райкомов партии всех прифронтовых областей и районов, объявленных на военном положении.
На Украине, по данным штаба истребительных батальонов НКВД УССР на 19 июля 1941 г., в 12 областях – Днепропетровской, Херсонской, Черниговской, Одесской, Полтавской, Николаевской, Сталинской, Сумской, Запорожской, Ворошиловградской, Житомирской, Каменец-Подольской – и в г. Киеве было сформировано 533 истребительных батальона численностью 105 252 человека.
Несмотря на быстрое продвижение немецких войск по территории Белоруссии, к 19 июля 1941 г. здесь действовало 78 истребительных батальонов, в которых состояло около 13 тысяч человек.
В Прибалтике оперативная группа НКВД по руководству истребительными батальонами была создана при управлении Прибалтийского пограничного округа. Возглавил ее начальник войск округа генерал-майор К.И.Ракутин. Впоследствии эти обязанности возложили на заместителя начальника штаба войск округа подполковника О.М.Окоева, затем – на начальника физподготовки округа капитана М.Ф.Пастернака. Комиссаром оперативной группы назначили секретаря ЦК Компартии Эстонии Ф.В.Окка.
Для руководства истребительными батальонами пограничный округ выделил более 50 опытных офицеров и около 200 сержантов. Комиссарами батальонов были назначены политработники войск округа, а также местные партийные работники. Благодаря большому количеству добровольцев первоначальный расчетный состав истребительных батальонов – 200 человек – в ряде формирований был значительно превышен. К середине июля только на территории Эстонии создали 27 добровольческих формирований общей численностью 8990 бойцов. Командирами более 50% сформированных здесь истребительных батальонов являлись офицеры-пограничники.
Личный состав батальонов в своей основной массе не был подготовлен к выполнению тех обязанностей, которые он добровольно брал на себя. Большинство совершенно не владело огнестрельным оружием. Времени на обучение не оставалось. Прибывшие группы сержантского и рядового состава вместе с офицерами пограничных войск оказались как нельзя более кстати для организации и обучения личного состава. Пограничные отряды предоставили истребительным батальонам учебную базу, стрельбища в Таллине, Раквере, Хаапсалу, Кингисеппе, Нарве.
Истребительные батальоны снабжались оружием со складов Таллина, из ресурсов местных армейских складов бывшей буржуазной армии. 15-й стрелковый батальон имел, например, только винтовки и ручные гранаты, потом получил станковые и ручные пулеметы. В 1-м истребительном батальоне числилось всего 2 станковых и 3 ручных пулемета. В 23-м – 3 станковых пулемета. В некоторых батальонах запас боеприпасов был ограничен. Так, Сааремааский батальон, направляя одну из рот для проведения операции в район порта Виртсу, смог обеспечить каждого бойца лишь 40 патронами и 2 ручными гранатами. Такое положение не могло не сказаться на боеспособности батальонов.
Боевые действия истребительных батальонов были разнообразны как по характеру выполняемых задач, так и по времени их проведения и масштабности. Чаще всего они велись самостоятельно ротами и истребительными группами численностью 1-2 взвода. Для выполнения особо ответственных задач объединялись усилия нескольких батальонов, а также организовывалось взаимодействие с подразделениями пограничных войск и Красной Армии. Многие операции возникали внезапно и отличались скоротечностью.
Боевые столкновения с регулярными частями немецких войск проходили при значительном превосходстве сил противника. Это накладывало свой отпечаток на тактику действий истребительных батальонов. Они отличались внезапностью, дерзостью решений и действий, умением сосредоточить силы в нужном месте, вовремя выйти из боя, т.е. содержали элементы партизанской тактики.