В истребительных батальонах проводились занятия по программе, утвержденной для спецшкол. Шла закладка баз с оружием, боеприпасами, продовольствием и снаряжением, готовились конспиративные квартиры, связные для создаваемых партизанских отрядов из партийного и советского актива, аппарата НКВД и УНКВД, пограничных и внутренних войск, истребительных батальонов.
В ряде районов Украины, например на Черниговщине, истребительные батальоны полностью вливались в партизанские отряды. Только в Киеве до оккупации на базе истребительных батальонов, партийного, советского актива и сотрудников НКВД было создано 11 партизанских отрядов и 2 полка общей численностью 4076 человек. В Киевской области действовали 24 партизанских отряда, созданных из истребительных батальонов. Из 62 действовавших истребительных батальонов в Киеве и области на формирование партизанских отрядов было выделено 35 отрядов, или 57%. Во всех не оккупированных областях истребительные батальоны готовились к боевым действиям партизанскими методами в тылу противника. Из состава истребительных батальонов, как основной базы формирования партизанских отрядов и диверсионных групп, в 10 областях Украины было сформировано 66 партизанских отрядов и 800 групп общей численностью 414 390 человек.
К 1 января 1942 г. НКВД УССР дополнительно направил в тыл врага для комплектования партизанских отрядов 6239 командиров и бойцов истребительных батальонов. На территории Украины к партизанским действиям в первый год войны приступило 109 истребительных батальонов, в Ленинградской области – 25. Такая же картина наблюдалась в Прибалтике, Белоруссии, прифронтовых областях Российской Федерации.
Если исходить из того, что общая численность партизан к концу 1941 г. составляла около 90 тысяч человек, то более четверти из них приходится на бойцов истребительных батальонов, переформированных в партизанские отряды и группы. Их количество превышало 25 тысяч человек.
Из указания НКВД СССР от 6 декабря 1941 г. «Об организации деятельности в тылу противника партизанских отрядов, истребительных и диверсионных групп» следует, что «НКВД-УНКВД ведают организацией и руководят деятельностью партизанских отрядов, истребительных и диверсионных групп, формируемых из состава истребительных батальонов». В этих целях заблаговременно подбирались связники, которые оставлялись в тылу противника для осуществления связи отрядов с УНКВД, и, кроме того, в каждый партизанский отряд вводились оперативные работники органов.
В истребительных батальонах было немало людей, которые никогда не держали в руках оружия. В связи с этим, без отрыва от производственной деятельности, проводилась боевая подготовка. Отрабатывались вопросы обороны и наступления в составе взвода, роты, батальона, преследования отходящего противника и организации его поиска по следам и др. Особое внимание обращалось на подготовку бойцов истребительных групп, которым предстояло действовать в тылу врага. Так, штаб истребительных батальонов Управления НКВД Москвы и области (начальник штаба полковник И.М.Леонтьев) в сентябре 1941 г. провел 15-дневный семинар с начальниками штабов и командирами рот по 150-часовой программе. На трех семинарских сборах подготовили 500 снайперов. 100 человек получили звания инструкторов рукопашного боя, а 1500 – бойцов-истребителей танков. На различных сборах было подготовлено 410 подрывников. Специально проводились тренировки в длительных походах с полной боевой выкладкой, обучение бесшумному снятию часовых, изучался порядок подхода к складам, мостам, штабам и т.д. Отрабатывались приемы и способы уничтожения техники противника. Занятия велись обычно в ночное время.
В ряде мест бойцы истребительных батальонов переводились на казарменное положение. Истребительные батальоны участвовали в совместных тактических занятиях, проводимых командованием частей Красной Армии и войск НКВД. Особое внимание уделялось группам содействия истребительным батальонам, их резервам. От них, как правило, поступала первая необходимая информация. Отдельные штабы истребительных батальонов разрабатывали специальные инструкции, которыми должны были руководствоваться командиры групп содействия истребительным батальонам.
Предварительная, начальная подготовка бойцов истребительных батальонов, безусловно, сыграла свою положительную роль. Боевая готовность, сколоченность партизанских формирований, созданных на базе истребительных батальонов, ранее участвовавших в боевых операциях, была на порядок выше вновь организованных, личный состав которых не был обстрелян. Так, например, ядром Путивльского партизанского отряда, которым командовал впоследствии прославленный герой партизанского движения на Украине С.А.Ковпак, были бойцы истребительного батальона г. Путивля. Из бойцов истребительного батальона г. Запорожья создали партизанский отряд им. С.М.Буденного, им командовал оперуполномоченный отдела милиции, впоследствии Герой Советского Союза И.И.Копенкин. Его отряд провел ряд успешных операций во вражеском тылу, неоднократно переходя линию фронта.