В сентябре диверсии на коммуникациях противника становятся основой боевой деятельности соединения. В течение месяца отряды направили на коммуникации врага 45 диверсионных групп, из которых 27 выполнили задания, пустив под откос 54 воинских эшелона врага. Большая часть личного состава соединения постоянно находилась на диверсиях и в разведке. В засадах и боях, которые проводились наряду с диверсионной деятельностью, партизаны уничтожили 152 гитлеровца, 19 автомашин, взорвали 3 железобетонных моста на шоссейных дорогах и одни на железной дороге, захватили 3 ручных пулемета, 79 винтовок, боеприпасы, обмундирование, продовольствие. Эти цифры говорят о том, что соединение, пережившее определенные трудности в июле — августе, к октябрю морально-политически окрепло, стало вполне боеспособным, могущим в сложных условиях выполнить поставленную ЦК КП(б) Молдавии задачу — выхода на территорию Молдавии.
Во второй половине сентября отряды соединения дислоцируются в трех районах: штаб соединения и отряды имени Фрунзе, «За освобождение Советской Молдавии», отряд имени Котовского (второй)[26]
— в районе Городницы Житомирской области; отряды имени Ворошилова (второй), имени Лазо, имени Котовского — в Славутско-Шепетовских лесах Каменец-Подольской области; отряд имени Суворова и три отдельные диверсионно-разведывательные группы — Барановский район Житомирской области.В сентябре в связи с тяжелым заболеванием, по разрешению ЦК КП(б) Молдавии, в Москву выбывают комиссар соединения, секретарь ЦК КП(б) Молдавии И. И. Алешин, тяжело раненный командир отряда имени Котовского М. Ф. Сорока, больные начальник МТО Я. И. Шамис и командир отряда «За освобождение Советской Молдавии» Д. Е. Бабич.
С 18 сентября 1943 года комиссаром соединения назначается член ЦК КП(б) Молдавии, заместитель председателя Совета Народных Комиссаров МССР Г Я. Рудь.
До конца августа в состав соединения формально входили отряды имени Ворошилова (командир Я. П. Шкрябач) и имени Буденного (командир В. И. Пискарев). Но ввиду большого расстояния, отделявшего их от соединения, и отсутствия прямой связи со штабом они вели самостоятельную боевую деятельность.
В начале мая 1943 года фашистское командование, готовя летнее наступление, предприняло попытку обезопасить от партизан важнейшие коммуникации фашистских армий «Центр» и «Юг». Особенно беспокоил гитлеровцев партизанский край на юге массива Брянских лесов и части северных районов Сумской области УССР. Против брянских и сумских партизан враг направил 4 дивизии и ряд специальных частей усиления под общим командованием генерал-лейтенанта Борнеманна. Войска противника сосредоточивались вблизи от места дислокации соединения Н. Н. Попудренко, где в это время находились молдавские партизанские отряды имени Ворошилова (первый) и имени Буденного.
Командование соединения черниговских партизан Н. Н. Попудренко принимает решение о выходе в рейд по районам Черниговской области в направлении к Днепру. Направление движения отрядов Черниговского соединения совпало с маршрутом движения молдавских отрядов имени Ворошилова, имени Буденного и украинского отряда имени Боженко.
17 мая 1943 года соединение и отряды под общим командованием Н. Н. Попудренко вышли в рейд. 19 мая они разгромили крупный полицейский гарнизон в селе Чуровичи и в ночь с 21 на 22 мая перешли железную дорогу Гомель — Бахмач, уничтожив гитлеровский железнодорожный эшелон и два железнодорожных моста. Движение по дороге было остановлено на 5 суток. С приходом соединения и отрядов в Тупичевокие леса фашистское командование стягивает полицейские гарнизоны, ведет авиационную и наземную разведку расположения партизан. Здесь разведкой отряда имени Ворошилова (первый) были задержаны три предателя, которые вели разведку расположения отрядов. С 22 мая по 4 июня 1943 года объединенные силы партизан, находясь в Тупичевских лесах, смелыми налетами выводят из строя железнодорожные станции Хоробичн на линии Гомель — Бахмач и Горностаевку на линии Гомель— Чернигов, разгромили гитлеровские гарнизоны в райцентрах Добрянка, Тупичев и полицейские гарнизоны в селах Дроздовица и Хотивля. Во всех этих боевых операциях активное участие принимали молдавские партизанские отряды имени Ворошилова (первый) и имени Буденного.