Как и следовало ожидать, томимый собственным гневом и утеснением пристава узник заболел. Обеспокоенный Годунов велел перевезти его в Пелым, где был уже заточен Иван Никитич Романов, разбитый параличом (у пего отнялась рука и плохо слушалась нога). Пелымский пристав сообщал царю, что «взял твоего государева изменника Василия Романова больного, чуть живого, на цепи, ноги у него опухли. Я для болезни его цепь с него снял. Сидел у него брат его Иван да человек их Сенька; и я ходил к нему и попа пускал. Умер он 15 февраля (1602 г.), и я похоронил его, дал по нём трем попам, да дьячку, да пономарю двадцать рублей».
Ясно, что в народе стали говорить: «Василия Никитича удавили, а Ивана Никитича морили голодом». Это была не ошибка молвы, а всего лишь неточность. Читая указы царя Бориса между строк, приставы держали двух больных братьев прикованными к стене цепями в разных углах избы, всячески ускоряя их смерть. Так что и вправду, как говорили, Ивана только «Бог спас, душу его укрепив».
Иван Никитич был раскован по царскому указу от 15 января 1602 г., а указом от 28 мая отправлен на службу в Нижний Новгород вместе с князем Иваном Борисовичем Черкасским (сыном князя Бориса и Марфы Никитичны Романовой), выпущенным из заточения в Малмыже на Вятке. На этот раз Годунов строго предупредил приставов: «едучи дорогою и живучи в Нижнем Новгороде к князю Ивану (Черкасскому) и к Ивану Романову бережение держать большое, чтоб им нужды ни в чём никакой отнюдь не было и жили б они и ходили свободны». Указами от 17 сентября и 14 октября 1602 г. оба были возвращены в Москву. Освобожден был и муж умершей в Сумском остроге Евфимии Никитичны Романовой князь Иван Васильевич Сицкий.
Милосердие царя Бориса было вынужденным: его уже но всем углам величали убийцей, припоминая длинный ряд подозрительных смертей на его пути к трону и во время царствования. Печальная судьба ссыльных Романовых укрепила эти обвинения.
Общее мнение прекрасно передаёт Новый летописец,
Согласно популярной в России XVII в. летописи, все деяния Бориса Годунова с самого начала сводились к стремлению скорее уморить Фёдора Никитича и его родню до смерти. Летописец включил сюда и родственников бабушки Фёдора Никитича, Карповых, об опале на которых в документах о ссылке Романовых, которые мы использовали выше, ничего нет. Логика летописца такова. Едва схватив, «Фёдора Никитича с братьями отдали приставам и повелели их заковать; родственников же их, князя Фёдора Шестунова и молодых Сицких и Карповых, отдали приставам же. За князем Иваном Васильевичем Сиц-ким послали в Астрахань и повелели его привезти в Москву с княгиней и сыном, заковав. Людей же их (Романовых), которые за них стояли, схватили. Фёдора же Никитича с братьями и с племянником с князем Иваном Борисовичем Черкасским не единожды приводили к пытке. Людей же их, рабов и рабынь, пытали различными пытками и подучали, чтобы они на своих государей говорили. Они же отнюдь не помышляли ничего злого и помирали многие на пытках, и на государей своих не клеветали».
«Царь же Борис, — продолжает Новый летописец свой рассказ, — видя их неповинную кровь, держал их в Москве за приставами много времени. И, замыслив привести их к кончине, с Москвы разослал по городам и монастырям. Фёдора же Никитича послал с Ратманом Дуровым в Сийский монастырь и велел там постричь. Он же, государь, неволей был пострижен, но волей и с радостью великой и чистым сердцем ангельский образ воспринял и жил в монастыре в посте и в молитве.
Александра Никитича с Леонтием Лодыженским (царь Борис) сослал к Студёному морю к Усолью, называемому Луда: там его заточили в темницу; и по повелению (царя) Леонтий там его удушил, а погребен был на Луде.
Михаила же Никитича Романова с Романом Тушиным (царь) сослал в Пермь Великую и повелел ему сделать тюрьму от города в семи поприщах; и там удавили, и погребен он там в пустынном месте, а над гробом его выросли два дерева, называемые кедры: одно дерево — в головах, а другое — в ногах.