Вторая паломническая поездка Патриарха Кирилла на Афон была приурочена к знаменательной дате — празднованию 1000-летия русского присутствия на Афоне. Визит на Святую Гору, состоявшийся 27–29 мая 2016 года, стал одним из ключевых событий в череде праздничных мероприятий, которые проводились в течение всего года в ознаменование тысячелетней годовщины первого письменного упоминания о русском монашестве на Афоне. В рамках визита Святейший Патриарх Кирилл встретился в Протате с членами Священного Кинота Святой Горы, посетил Свято-Пантелеимонов монастырь, освятил храм в честь великомученика Пантелеимона в скиту Старый Русик и совершил в нем Божественную литургию. В слове по окончании литургии Патриарх Кирилл отметил особое значение Старого Русика в истории русского монашества:
Однако после того как Русская Православная Церковь в 2016 году вслед за рядом других Поместных Церквей отказалась участвовать в «Критском соборе», Константинопольский Патриархат встал на тропу войны и начал подготовку к вторжению на Украину. Оно состоялось в конце 2018 года и привело к кризису не только в двусторонних отношениях между Москвой и Константинополем, но и во всем православном мире. Об этом будет сказано ниже в соответствующих разделах.
Отношения с Александрийским Патриархатом до 2018 года
Александрийский Патриарх Феодор II возглавил делегацию Александрийской Церкви, приехавшую в Москву на интронизацию Патриарха Кирилла (1 февраля 2009 года); 3 февраля в Патриаршей резиденции в Чистом переулке прошла встреча двух Предстоятелей.
В апреле 2010 года Патриарх Кирилл посетил Александрийский Патриархат, провел переговоры с Предстоятелем Александрийской Церкви, состоялось награждение Патриарха Кирилла Большим крестом ордена Апостола и евангелиста Марка. В Каире Святейший встретился с председателем Народной ассамблеи Египта, президентом ассоциации «Египет — Россия» Ф. Суруром. Во встрече также принял участие Патриарх Феодор II. В ходе беседы обсуждались различные аспекты межрелигиозного диалога, взаимоотношений между христианской и исламской общинами, вопросы противодействия экстремизму. 12 апреля Патриархи Кирилл и Феодор II встретились с верховным имамом-шейхом университета аль-Азхар Ахмедом Эт-Таибом. Стороны обсудили роль религии в современном мире, охваченном процессом глобализации.
Награждение Патриарха Кирилла Большим крестом ордена Апостола и евангелиста Марка. Каир. 2010 г.
Визит Патриарха Кирилла в Александрийский Патриархат. Прием от имени Патриарха Александрийского Феодора II. 2010 г.
Вручение Патриарху Феодору II премии Международного общественного фонда единства православных народов. Москва. 2012 г.
21 января 2012 года в Москве Патриарху Феодору II была вручена премия Международного общественного фонда единства православных народов. В июле 2012 года по приглашению Предстоятеля Русской Православной Церкви Александрийский Патриарх гостил в Патриаршем и Синодальном духовно-административном и культурном центре Русской Православной Церкви под Геленджиком.
Там Предстоятели Александрийской и Русской Православных Церквей провели ряд рабочих встреч и обсудили различные вопросы двусторонних отношений и общеправославного сотрудничества. Русская Православная Церковь высказала готовность оказать помощь Александрийской Церкви в деле сохранения и возрождения древних святынь.