В дальнейшем Предстоятель предложил использовать в отношении Москвы те же административные принципы, что лежат в основе инициативы Священного Синода по разукрупнению епархий, объясняя это так:
Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 27 декабря 2011 г
27 декабря 2011 года Священный Синод по предложению Патриарха принял постановление об образовании в пределах московских административных округов викариатств: Центрального, Южного, Юго-Западного, Западного, Северо-Западного (включая приходы на территории Зеленоградского административного округа), Северного, Северо-Восточного, Восточного, Юго-Восточного и викариатства в пределах территорий, планируемых к включению в административные границы Москвы (викариатство Новых территорий).
Своим распоряжением от 31 декабря 2011 года Патриарх назначил управляющих территориальными викариатствами. Московским викариям, секретарю по Москве, службам Московской Патриархии поручено руководствоваться в своей деятельности утвержденным Священным Синодом «Положением о епархиальных викариатствах Русской Православной Церкви». Все московские викарии были включены в Епархиальный совет Москвы по должности. Ставропигиальные и московские епархиальные монастыри, согласно патриаршему распоряжению, находятся в подчинении Патриарха через председателя Синодальной комиссии по делам монастырей, а впоследствии Синодального отдела по монастырям и монашеству (решение Священного Синода от 15 марта 2012 года).
Уделяя много внимания увеличению числа православных храмов, Патриарх возглавляет богослужения, связанные с основанием или освящением новопостроенных церквей. В 2009 году Патриарх совершил чин основания храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы в Ясеневе (30 июня) и освящение церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы на Рязанском проспекте (4 декабря). В 2010 году Патриарх освятил воссозданный Никольский собор Николо-Угрешского ставропигиального монастыря (22 мая), храм Троицы Живоначальной при НИИ скорой помощи имени Н. В. Склифосовского (13 июня), храм Рождества Иоанна Предтечи на Пресне после фундаментальной реставрации (7 июля), храм в честь Казанской иконы Божией Матери в Богородице-Рождественском ставропигиальном женском монастыре в Москве (7 ноября), собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы Зачатьевского монастыря, воссозданный к 650-летию обители (25 ноября).
Чин основания храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы в Ясеневе. Москва. 2009 г.
Освящение Святейшим Патриархом Кириллом Никольского собора в Николо-Угрешском монастыре. 2010 г.
К 2010 году в Московской городской епархии насчитывалось 837 храмов и часовен (90 — в стадии строительства), богослужения регулярно совершались в 271 церкви. По показателю соотношения количества храмов с количеством православных жителей Москва стояла на последнем месте в Российской Федерации. Такая статистика, по мнению Патриарха, высказанному им на Московском епархиальном собрании 22 декабря 2010 года,
Своеобразие церковной ситуации в Москве на тот период определялось исторически сложившимся неравномерным распределением церковных зданий: они были сосредоточены в центре города, в то время как новые микрорайоны с многотысячным населением были почти лишены храмов. При поддержке правительства Москвы в 2010 году была принята программа строительства 200 храмов.
Освящение закладного камня в основание храма памяти жертв теракта на Дубровке. Москва. 2011 г.