Все это сознавал Никон. Он видел, что преемник Филарета унизил достоинство патриарха до такой степени, что Алексей Михайлович вынужден был как бы оправдывать покойного перед его прислугою: “Есть ли из вас кто-нибудь, кто бы раба своего или рабыню без дела не оскорбил? Иной раз за дело, а иной раз, пьян напившись, оскорбит и напрасно побьет; а он, великий святитель и отец наш, если кого и напрасно побил, от него можно потерпеть, да уж что бы ни было, так теперь пора всякую злобу покинуть. Молите и поминайте с радостью его, света, елико сила может”. А между тем, патриарх Иосиф многим был по душе, поддерживая малограмотных, тунеядцев, но приносящих дары. Никон понимал, что его предшественник дискредитировал патриарший сан не только в русском государстве, но и за пределами его; очевидно, что он не мог даже желать идти по его следам. Его идеалом был Филарет, он хотел из уважения к принятому сану быть Великим Государем над церковью, которой он отдал лучшие годы своей жизни и величие которой всегда составляло его задачу. Ревностно и с обычною ему суровою энергиею принимаясь за дело достижения единообразия в церковной обрядности, он логически должен был сделаться борцом за независимость и верховность своей патриаршей власти. Будь Алексей Михайлович менее податливым на выслушивание придворных сплетен и не попадись Никону на дороге кучка тупоголовых изуверов, трудно сказать, какова могла бы быть дальнейшая история России. Самому же Никону не доставало научного образования, чтобы смелее и увереннее вести задуманную реформу, и житейской изворотливости, чтобы ладить и держать в руках темную клику Салтыковых, Стрешневых, Морозовых, Трубецких, Одоевских, Долгоруких и других. Чересчур прямолинейный по характеру Никон не мог и не умел лукавить и вести дипломатическую игру с теми, чье дело, по его мнению, было повиноваться, а не умничать.
25 июля 1652 года сын крестьянина Мины вступил в управление Всероссийским патриархатом. Следуя обычаю, издавна установившемуся среди высших иерархов русской церкви, первым делом его было основать для себя новый монастырь и прославить его новою святынею. Для этой цели Никон выбрал намеченный им раньше островок на озере Валдай и назвал новоучреждаемую обитель Иверским Богородичным монастырем в честь Иверской Божией Матери, икона которой находится в афонском Иверском монастыре с 31 марта 999 года. В то же время он отправил знающего человека на Афон, с согласия иверского архимандрита Пахомия, гостившего в Москве, сделать точную копию Иверской иконы и, когда каменная церковь была построена, поставил в ней эту икону, украсив ее золотом и драгоценными каменьями. Вместе с тем Никон перенес 23 ноября в новый монастырь мощи преподобного Иакова, чудотворца Боровичского (скончался 22 мая 1544 года). Таким образом, новооснованная обитель сделалась предметом двойного поклонения; вскоре пошли слухи о совершающихся в ней чудесах и исцелениях. Алексей Михайлович, сочувствуя доброму делу “собинного друга” и желая поддержать его, приписал к Иверскому монастырю пригород Холм с крестьянами, деревнями и угодьями. Затем Никон перенес сюда из Хутынского Спасо-Варлаамиева монастыря типографию, заведенную им еще в 1650 году, в бытность новгородским митрополитом; здесь были напечатаны, между прочим, “Учебный часослов”, “Рай мысленный” Стефана Святогорца и произведения самого Никона: “Сказание об Иверской иконе”, “Сказание о созидании Онежского Крестного монастыря”, “Поучение к духовным и мирским”, “Канон молебный о соединении веры”, “Книга кормчая”, “Поучение о моровом поветрии”, “Пища духовная” и другие.