Собор уничтожил колебания патриарха, хорошо понимавшего всю важность предстоявшего дела. Не прошло нескольких дней после закрытия заседаний, как комиссия справщиков книг была формально отставлена от должности по причине своей полной несостоятельности и некомпетентности в корректурных работах. Скромный Славинецкий, проживавший с киевскими сотоварищами в новопостроенном Андреевском Преображенском монастыре на иждивении боярина Ртищева, по царскому указу был назначен справщиком (то есть фактором) типографии и получил квартиру при училище в Чудовом монастыре. Патриарх поручил Славинецкому, главным образом, дело исправления книг, и образованный иеромонах приступил к своей задаче неторопливо, с разумною обдуманностью. По его настоянию келарь Суханов вторично был отправлен на Восток за различными старинными рукописями, хотя уже при первой поездке доставил до 700 драгоценных рукописей, “овым убо от них от того времени, егда писаны, преидоша 700 лет, овым же 500, овым 400 лет”. Только окружив себя громадным количеством греческих и славянских списков, принялся Славинецкий за самое исправление текстов; помощниками его были два приехавших с ним земляка Арсений Сатановский и Данила Птицкий, побывавший в Соловках иеромонах-грек Арсений, священник Никифор, иеродиакон Моисей, бывший игумен Сергий, монах Евфимий и книгописцы печатного дела Михаил Родостамов и Фрол Герасимов. Пока серьезные труженики принимались толково за свое дело, оскорбленные бездарности сошлись между собою и образовали коалицию против патриарха Никона; сильные поддержкою ничего не понимающих женщин и отъявленных старинолюбцев из бояр, Неронов и Петров начали проповедовать по Москве, что патриарх по скудоумию поддается наущениям киевлян, зараженных латинскою ересью, и допустил к делу уличенного латынщика, грека Арсения. В своих письмах к друзьям Неронов скромно обходит молчанием вопрос о неожиданной отставке и об исправлении книг, сознавая, конечно, в душе, что патриарх поступил по справедливости, но зато он усердно нападает на Никона за его жесткость и резкость в обращении, явно рисуясь своими страданиями и своим геройством. “Патриарх, – читаем мы в одном его письме, – мучитель, терзает свою братию членов церкви, творит над ними поругание, одних расстригает, других проклинает. Беззаконное дело будет быть у него в послушании без прекословия. Он хочет, чтоб мы просили у него прощения; пусть он у нас просит! Государь всю свою душу и всю Русь положил на патриархову душу; нехорошо так мудрствовать государю!” За такое явное подстрекательство к неповиновению высшей духовной власти энергичный начальник распорядился бы гораздо круче, чем на первых порах поступил Никон. Этот патриарх, которого Н. И. Костомаров обвиняет чуть не в мании величия, не знал даже, до каких пределов может дойти религиозное изуверство и фанатизм ограниченных людей; он рассчитывал повлиять на членов оппозиции более мягкими мерами, предполагая в них более здравого смысла и благоразумия. Большая часть непокоренных была давно знакома ему, многие из них были земляками его по месту рождения – а это-то отчасти и разжигало страсти; все эти Павлы, Иоанны и Аввакумы с горечью относились к тому, что их, природных поповичей, взялся учить и муштровать мужицкий сын, которого чуть не на их глазах простая баба-мачеха таскала за вихры. Между тем, серьезный и осторожный патриарх, желая придать более беспристрастный характер своим отношениям к оппозиции и саму реформу поставить на нейтральную почву, отправил к константинопольскому патриарху Паисию длинное письмо через какого-то грека Эммануила; невольно смотря на Паисия как на своего учителя, Никон предложил ему в письме 26 вопрошений, которые касались различных сторон богослужебных обрядов и в том числе спорных пунктов. Вместе с тем, Никон высказывал свое неудовольствие на поведение коломенского епископа Павла, приходившегося шурином патриарху по линии умершей уже жены последнего, Настасьи Ивановны, протоиереев Неронова, Петрова и на их сообщников. Опасаясь своего пристрастия, московский патриарх обращался за советом к константинопольскому: как поступить ему с непослушными, чтобы соблюсти справедливость?
Ответ из Константинополя был доставлен только в 1655 году. Патриарх Паисий извещал, что он созывал в Константинополь поместный собор, на котором “вопрошения” Никона были рассмотрены и затем на них были составлены ответы.