Беспристрастная история отметила тот непреложный факт, что всякая идея на религиозной основе, как бы она ни была нелепа сама по себе, становится живучею, если ее захотят истребить насильственным путем; подтвердить это может вся история христианства, в которой кровавые страницы отмечают борьбу с арианами, несторианами, манихеями, альбигойцами, гуситами, лютеранами и русскими старообрядцами. Никон, несмотря на свой природный ум, силою обстоятельств вращался с самого детства в такой умственно ограниченной среде, что не мог достичь понимания этого важного исторического закона, а потому, поддержанный нравственно постановлениями московских соборов, решительно взялся за очищение русской церкви от всего нанесенного с течением времени невежественным русским духовенством и этим дал возможность своим противникам предстать мучениками, к которым примкнули все те элементы, какие нашлись в обширной России и которые были политически недовольны московскими порядками. Вот почему на первых же порах раскол ярче вспыхнул в пределах бывшей новгородской республики, перекинулся к казацкой вольнице на Дон и Яик, а с беглыми ушел в Сибирь и прочно осел там.
В изданном вскоре после второго собора “Служебнике” с исправленным текстом появилось предисловие, в котором изложены поводы, побудившие патриарха к исправлению богослужебных книг, и деяния первого поместного собора, одобрившего предприятие Никона. Этот “Служебник” предписано было рассылать повсюду и немедленно вводить в употребление; патриарх рассчитывал по простоте душевной, что у священников хватит здравого смысла настолько, что они проникнутся доводами предисловия и в таком духе станут поучать народ; последствия показали его ошибку. Вслед за тем грек Арсений окончил перевод с греческого книги “Скрижаль”, заключающей в себе порядок и объяснение литургии и таинств: сюда было добавлено изложение бывших при Никоне поместных соборов, ответ константинопольского патриарха Паисия и статьи, относящиеся к вопросу о крестном знамении в защиту троеперстного сложения. В апреле 1656 года был созван третий поместный собор, на который Никон представил свою “Скрижаль”; собор утвердил ее и еще раз произнес проклятие над двуперстниками, а вместе с тем, предано проклятию слово какого-то Феодорита, на которого ссылались двуперстники как на авторитет. Рьяные противники реформы с ужасом толковали, что Никон и согласные с ним члены собора признали, таким образом, еретиками всех святых русской церкви, которые, без сомнения, употребляли двуперстное знамение.