Монахи положили труп казнённого в гроб и, сопровождаемые народом и предводительствуемые священником с крестом, понесли усопшего с пением на кладбище.
В это время в Софии митрополит Никон весь в слезах пел соборне со всех духовенством:
— Упокой, Господи, раба Божьего Трофима и вечная ему память.
Вскоре суд и над остальными преступниками состоялся, и из них пятеро приговорены были к смертной казни. Жеглов, Гаврилов, Лисица, Молодожников и Шмара. Хованский и митрополит ходатайствовали о помиловании, т.е. о замене этого наказания другим.
Весь Новгород замер в ожидании ответа из Москвы; сам Никон запёрся в митрополичьем доме.
Получен, наконец, из Москвы указ: пятерых всё же казнить смертию, остальных — кого кнутом, кого плетьми.
Остановил исполнение приговора Никон и вновь ходатайствовал о помиловании, но получил в отношении первых отказ, а в отношении остальных лёгкое смягчение их участи.
Никон увидел тогда, что его голос в Москве сделался слаб, и казнь такого множества людей до того его огорчила, что он заболел.
В Москве в действительности бояре хотели всю вину взвалить на него.
Когда князь Хованский подступил к городу, мы уже видели, один из главарей, Федька Негодяев, вышел к нему навстречу и, сдавшись, просил отправить его в Москву объяснить всё царю.
По прибытии туда, Негодяев добился царского приёма и выставил всё дело так, что весь мятеж произвели воевода князь Хилков и митрополит Никон.
Негодяев поэтому отправлен к новгородцам с ответом, что воевода Хилков отрешается, на место его назначается князь Буйнов-Ростовский, в отношении же Никона, хотя грамота его оправдывает, но присовокупляет: «Да если бы он что иное учинил и не по делу, то об этом наше государское рассмотрение вперёд будет».
Последнее в особенности оскорбило митрополита, тем более, что в письме к нему государь упрекнул его, зачем де он Софийский собор хотел перестроить, между тем как Никон хотел лишь его поправить. Никон отвечал царю жалобою, в которой подробно описал о случившемся и о том, какие меры он употребил, чтобы как можно меньше было жертв мятежа. Между прочим он рассказывает, что 18 марта 1650 года на заутрени в соборе он говорил эксапсалмы, а после того тайно про себя стал читать канон Иисусу Сладкому на первой кафизме, а поселе первой статьи, на другой кафизме, стал он глядеть на Спасов образ. И вот внезапно он увидел венец царский золотой на воздухе над Спасовою головою, и мало-помалу венец этот стал приближаться к нему.
— Я от великого страха, — говорит в письме Никон, — точно обеспамятел, глазами на венец смотрю и свечу перед Спасовым образом, как горит, вижу, а венец пришёл и стал на моей голове грешной, я обеими руками его на своей голове осязал, и вдруг венец стал невидим.
Явление это Никон приписал не к добру, т.е. к мятежу новгородскому.
В ответ на это письмо царь сравнил Никона с Гермогеном, признанным тогда собором исповедником и, титулуя его великим государем, просил его и вперёд действовать так, как он прежде действовал.
Но по обычаю того времени в Новгороде всё же много голов слетело, много бито было кнутом, много сослано, и Никон, чувствуя всё же, что влияние его в Москве ослабело, под каким-то предлогом поехал к царю.
Приезд его имел огромное значение: патриарх Иосиф не был любим Москвою, — она обвиняла его не только в новшествах, но что он более занят мирскими делами, чем церковью. Был даже образован особый монастырский приказ, где должны были ведаться все дела монастырей. Кроме того в Москве перестали говорить проповеди и поучать народ, а Ртищева Андреевский монастырь обвинял прямо в еретичестве.
Поэтому с приездом Никона в Москву народ поговаривал, что будто бы государь хочет удалить Иосифа и что на его месте будет Никон.
Слухи эти были неосновательны, но в действительности Никон появлялся всюду и при отсутствии патриарха занимал его место; а проповеди его повсюду, где только ни собирался в монастырях и церквах народ в большой массе, возбудили в Москве сильное религиозное движение.
Особенно много и красноречиво говорил Никон о патриархах: Гермогене, Иове и митрополите Филиппе.
И решено было: в Успенский собор перенести Гермогена из Чудова монастыря, Иова — из Старицы, и мощи Филиппа из Соловок.
Перенесение первых двух совершилось большою торжественностью и возбудило в москвичах такое настроение и единение, что забыты были все споры разных толков; а Никон, виновник этого торжества, стал обожаем народом.
Последнему казалось, что вместе с перенесением останков любимых им исповедников все горести, печали и болезни более никогда не посетят их.
Религиозное чувство приняло высшее выражение и у Никона: он вспомнил обеты свои о том, что он построит монастыри: Крестовый на месте, где его ладья села на мель, Иверский — на том месте, куда нетленным привлекло по реке младенца на иконе Иверской Божьей Матери, и наконец, обет, данный им, когда он был в Соловках, что если Господь даст ему когда-либо возможность, то он перевезёт св. останки Филиппа в Москву, и ему казалось, что время к тому наступило.