На ряду с церковно-обрядовою реформой Никон производил и другую реформу — пересмотр и исправление наших церковно-богослужебных книг с греческих. Мы знаем, что благодаря государю и Стефану Вонифатьевичу у нас уже стали, под конец патриаршества Иосифа, исправлять некоторые книги и с греческих, как исправлялся, например, в 1650 году Шестоднев. Но тогда это новое у нас дело — исправление богослужебных книг с греческих, только еще начиналось, налаживалось, а теперь, при Никоне, оно должно было вестись широко и энергично, даже с прямой заменой во многом старых богослужебных книг новыми переводами с греческих подлинников. Но на этом пути, как и при исправлении обряда, Никону пришлось встретиться со многими затруднениями и препятствиями. Прежде всего Никону пришлось бороться с сильно распространенным у русских предубеждением и недоверием ко всем греческим книгам вообще. У русских сложилось сказание, что будто бы все греческие книги, при завоевании Константинополя, были отобраны у греков латинянами и сожжены ими. После этого греческие книги напечатаны были вновь в латинских странах, продолжают там печататься и доселе, причем латиняне переправляют их на свой лад, и уже в переделанном виде продают их грекам, так как у греков в Константинополе, и вообще в турецкой империи, не было и нет своей собственной типографии, в которой бы они могли печатать свои книги в неиспорченном виде.[Русские однако не знали того очень важного обстоятельства, что в латинской Венеции в то время жило очень много православных греков, которые имели свои церкви, свой православный клир и свои православные типографии, в которых они, т. е. православные венецианские греки, и печатали свои церковный книги. Значит, хотя греческие книги и печатались в латинской Венеции, но печатались православными греками и в их собственных типографиях. Конечно, были и исключения, почему в то время и в самой Греции к венецианским греческим изданиям относились с осторожностию.] Сами греки подтверждали справедливость подозрений русских к греческим книгам, напечатанным в иноверных землях. В этом отношении особенно замечательна челобитная палеопатрасского митрополита Феофана, поданная им в Москве государю в 1645 году, после того как он исполнил поручение константинопольского патриарха и собора, которые, собственно, и послали его в Москву. В своей челобитной Феофан пишет: «буди ведомо, державный царю, что велие есть ныне безсилие во всем роде православных христиан и борения от еретиков, потому что имеют папежи и лютори греческую печать, и печатают повседневно богословные книги святых отец, и в тех книгах вмещают лютое зелие — поганую свою ересь. И клеплют святых и богоносных отец, что будто пишут но их обычаю, и тое есть нестаточно, потому что ныне есть древния книги и библии харатейные рукописьмены и благословение святых отец в монастырех во святой гори Афонской и в иных древних монастырех, и по тем библиям и книгам объявляетца их лукавство. Посем ныне они, которые книги печатали и составили по своему обычаю и вымыслу, теми же книгами они борются в странах, а где древних библий нет, и опаясаются орудием нашим, и являются они мужественны, и стреляют на нас нашими стрелами. И то чинитца, державный царю, для того, что турки не поволят нам печатать книги в Царьград, понежен немцы, которые пребывают в Царьград, мешают от зависти своей, и осиливают они своею мздою... Сердцевидец есть Господь свидетель, что велие веселие и радость восприяла душа моя, что Бог сподобил меня и видел такова православного царя и благочестие велие, и вспомянул смуты, что имеют христиане от еретиков и смущаются многие в умах, прочитаючи тех составленных книг. и надеютца, что такое есть составление святых отец и падают в прелесть их и погибают... Да повелиши, пишет далее Феофан царю, быть греческой печати (в Москве) и приехать греческому учителю учить русских людей философства и богословия греческого языка и по русскому, тогда будут переводить многие книги греческие на русский язык, которые не переведены, и будет великое надобе на обе стороны и великая доброта, да и гречане освободятца от лукавства еретиков, да исполнятца во всем мире православные христианские книги, и не будет нужды (пользоваться) темисоставленными римскими и люторскими книгами; здеся исполнятца древние книги, будут их. печатать и переводить на русский язык прямо, подлинно и благочестиво, и тогда будет великая радость во всем мир и во всем народ христианском, и прославитца великое имя царствия вашего по всей вселенной, но и паки — Птоломея царя».