В своей грамоте к константинопольскому патриарху Дионисию Никон заявляет, что когда царь не дал ему удовлетворения по делу князя Мещерского, в чем Никон увидел публичное поругание его патриаршего сана, когда царь, вопреки обычаю, перестал ходить к тем церковным службам, которые совершал Никон, когда прислал к нему сказать, чтоб он впредь не смел называться великим государем и царь почитать его более не будет; тогда, говорит Никон, исповедав гнев царя пред всем народом, «яко гневается царь без правды, сего ради и в церковное собрате нейдет», решил удалиться в пустынное место. На вопрос же посланных от царя: по какой причине он оставляет патриарший престол? отвечал: «даю место гневу царского величества, зане, кроме правды, его царского величества синклит, бояре и весьнарод, церковный чин небрегут и безчиния многая творят, а царское величество управы не дает, и в чем мы печалимся, и он гневается на нас». Здесь Никон, кроме ранее отмеченной причины — неправедного царского гнева на него, указывает новую причину оставления им патриаршей кафедры: что будто бы царский синклит, бояре и весь народ «небрегут церковный чин и творят многия беззакония», и когда он, как архипастырь, указывал царю на это при скорбное обстоятельство, «царское величество управы не дает», и даже более: стал гневаться за это на Никона, которому, в виду, указанных обстоятельств, ничего не оставалось делать, как оставить кафедру. Следовательно, причины оставления Никоном патриаршей кафедры были глубже и серьезнее, чем случайное оскорбление патриаршего слуги окольничим Хитрово.
Еще более обстоятельный и более откровенный ответь об истинных, интимных причинах оставления патриаршей кафедры Никон дает в своих возражениях на вопросы Стрешнева и ответы на них Паисия Лигарида. В своем возражении на 5-й вопрос Никон говорит, что царь, на поставлении его, Никона, в патриархи, торжественно пред всем народом, синклитом и освященным собором обещался неизменно хранить заповеди Божии, все церковные законы и правила, «и елико он, великий государь царь, поясняет Никон, поелику возможно пребывает в своем обещании, повинуяся святей церкви, — и мы терпели. Егда же он, великий государь царь, изменился от своего обещания, и на нас гнев положил неправильно, якоже весть, и мы, помня свое обещаше о хранении заповедей Божиих», эасвидетельствовав публично «о напрасном цареве гневе», оставили патриарший престол и водворились в пустыне. Тут же далее Никон заявляет, что еще во время литургии он тогда из собора, с своим диаконом Иовом, послал письмо к царю такого содержания: «се вижу на мя гнев твой умножен без правды, и того ради соборов святых во святых церквах лишавшись; аз же пришелец есмь на земли; и се ныне, поминая заповедь Божии, дая место гневу,—отхожу от места и града сего, и ты имаши ответь пред Господом во всем дати».
В приведенных словах Никон, как на единственного виновника своего невольного оставления патриаршего престола, указывает на царя: Никон потому именно оста вил престол, что царь, обещавшийся, при поставлении Никона в патриархи, хранить все заповеди Божии, все церковные законы и правила, изменил в этом отношении своему торжественному и публичному обещанию, и, к тому же, стал неправедно гневаться на Никона, почему и вся вина оставления последним патриаршей кафедры исключительно падает на царя.
В ответе на 17 вопрос Никон уверяет, что будто бы он, на вопрос посланных от царя — Рамодановского и Матюшина: зачем он уходил от патриаршества, отвечал так: «от не милосердия ево — царева иду с Москвы вон, и пусть ему, государю, просторнее без меня, а то, на меня гневаяся, и к церкви не ходить, и про тот гнев всему государству ведомо, что он, гневаяся на меня, не приходил. А вселенстей велицей церкви обид много стало и божественных заповедей Христовых, и св. апостол и св. отец правил, как обещал на нашем поставлении, не почал соблюдати. А мы, на избрании своего патриаршества, и сами обещались, с клятвою и подписанием руки своея, Божия заповеди и св. апостол и св. отец хранит. А он, великий государь, чрез божественный правила суд церковный отъял, нас самех, и епископов, и аримандритов, и игуменов, и весь священничесий чин велел своим приказным людям судить». И, несколько ниже. Никон замечает, что он ушел из Москвы потому, «что от гнева царева невозможно стало жить».