Никон, не смотря на полный разгром кружка ревнителей, на поддержку царя и его духовника Стефана Вонифатьевича, на свою всесильную патриаршую власть, не мог однако скрыть от себя, что протест кружка ревнителей, относительно его распоряжения о поклонах и перстосложении, в значительной степени был справедлив, что единоличною, только своею патриаршею властью, производить такие важные в мнении общества церковные реформы дело рискованное и очень непрочное. Не мог не сознать Никон и того, что его противники были люди убежденные, искренние, вполне веровавшие в свое призвание бороться за истинное благочестье, страдающее от самочиния нового патриарха, что их голос в этом случае мог быть убедителен для очень и очень многих, так как в своих нападках на Никона они опирались на известную всем и всеми почитаемую родную старину, которую Никон самочинно стремится нарушить. В виду этого Никон, конечно с совета царя и Стефана, решается, в своей дальнейшей реформаторской деятельности, опереться на более прочную опору: на целый собор русских иерархов, благодаря чему дело церковной реформы должно было стать делом всей русской церкви, а не одного только Никона. Эти соображения вызвали собор 1654 года, очень важный в том отношении, что на нем Никон в первый раз торжественно высказал свой взгляд на положение русской церкви и на те реформы, какие бы он желал произвести в ней.
Собор 1654 года Никон открыл речью, в которой указал на причины, побудившие созвать собор, на те вопросы, какие подлежали соборному рассмотрению и решению. В оправдание задуманной церковной реформы Никон сослался на постановление константинопольского, собора об учреждении в России патриаршества, где, между прочим, заповедывалось пастырям церкви истреблять все новины церковные. Прочитавши деяние константинопольского собора, Никон говорил собору: «сего ради должен есть нововводные чины церковные к вам объявити», и затем перечисляет самые найденные им в московских служебниках новины. Он указал именно: а) разрешительную архиерейскую молитву, которую незаконно положено было читать священнику пред совершением литургии, отпуст пред началом литургии, который принято было читать на всю церковь, и некоторые излишние эктении; б) существовавший обычай у нас оставлять царские врата отверстыми от начала литургии до великого входа; в) обычай праздничную литургию начинать в седьмом и даже в восьмом часу дня т. е. в первом и во втором часу по полудни; г) обычай — при освящении храмов не полагать мощи под престолом; д) дозволение простецам двоеженцам и троеженцам петь и читать в церкви на амвоне; е) употребление земных поклонов в четыредесятницу (при чтении молитвы Ефрема Сирина) вместо 12 малых и ж) положение антиминса под покровом, вместо того, чтобы полагать его на престоле открыто и на нем совершать таинство евхаристии. Указав на то или другое новшество в московских печатных книгах, Никон обыкновенно замечал, что указанные им нововводные чины несогласны ни с греческими, ни с славянскими книгами, и обращался к собору с вопросом: «и о сем прошу решение: новым ли нашим печатным служебникам последовать, или греческим и нашим,