Так старался Неронов убеждениями и мольбами, а часию и угрозами, склонить Стефана на свою сторону, заставить его решительно и открыто выступить на борьбу с Никоном. Но в тоже время Неронов невольно чувствовал, что Стефан вовсе не на его стороне, что он не оправдывает его строптивого, вызывающего поведения относительно Никона. Неронов искал причины такого, казалось ему, непонятного поведения своего друга и советника. В приписке к письму он спрашивает Стефана: «не то ли ты мыслишь, государь мой союзниче, священнопротопопе Венифатьевич, что я тебе, живучи на Москве, стужал и много тебе жестоко и противно говорил?» Значит Неронов сознавал, что Стефан им недоволен, что он оправдывает не его, а Никона, причину этого думает найти в прежних своих личных отношениях к Стефану, когда он, в виду вскрывавшегося между ними несогласия по тем или другим вопросам, дозволял себе много и горячо спорить с Стефаном и не соглашаться с ним. Отсюда очевидно также и то, что рознь в воззрениях между Стефаном и Нероновым сказывалась уже давно и, благодаря резкости и упрямству Неронова, уже ранее вызывала неудовольствие Стефана, о чем теперь и вспоминает Неронов.
Еще яснее свои истинные отношения к Никону патриарху и реформатору Стефан выразил во втором письме к Неронову. Здесь он пишет, что царь, которому он прочел письмо Неронова, удивляется его (Неронова) упрямству», что царь и Стефан «блазни не имеют о патриархе, — все он доброе творить», и что вообще «государь за патриархом ничего худого не видал». Что же касается распоряжения Никона о поклонах, то Стефан находит его правильным, вполне согласным с русской церковной стариной; а относительно перстосложения вопрос еще не решен окончательно, т. е. царь и Стефан находили правильными первые реформаторские шаги Никона и вполне их оправдывали, так как они, очевидно, и предприняты были Никоном не иначе, как после предварительного соглашения по этому предмету с царем и Стефаном. Поэтому не удивительно, что и царь не похвалял сопротивление и упрямства Неронова, и что он выразил желание, чтобы Неронов подчинился Никону и снова занял свое прежнее место в московском Казанском соборе, о чем Стефан и извещал в письме Неронова.
Таким образом Стефан был, несомненно, вполне на стороне Никона, и оправдывал его реформу пред своими задорными друзьями—ревнителями, с которыми он, особенно с Нероновым, поддерживал всегда прежние близкиеотношения, всячески усиливаясь его и других примирить с новыми явлениями в тогдашней русской церковной жизни. Несомненно также и то, что и царь принимал живое и деятельное участие в первых реформаторских шагах Никона и в посреднической попытке Стефана примирить ревнителей, особенно Нерона, с Никоном и его реформаторскою деятельностью.