Нет, Сталин вовсе не отказался от формирования военно-морского наркомата. Наоборот, он, как мог, ускорил этот процесс. И 30 декабря 1937 года Народный комиссариат Военно-Морского Флота СССР был создан. Но у вождя СССР был свой взгляд на ту фигуру, которая должна была его возглавить и Дыбенко в число возможных кандидатов не входил. Дело в том, что если бы Дыбенко уселся в кресло наркома, то уселся бы основательно. А такой нарком, слишком много знавший о власти, слишком много ранее с ней конфликтовавший, слишком амбициозный и не слишком профессионально подготовленный, был Сталину совершенно не нужен. Сталину был нужен собственный воспитанник, к тому же настоящий профессионал своего дела. Поисками такого кандидата он и занялся. Пока же, по мысли вождя, кресло наркома должен был временно занять не моряк, а просто авторитетный человек с хорошими организационными способностями. Его задачей были первичные организационные мероприятия и подбор людей на командные должности. Поэтому выбор Сталина пал на начальника политуправления РККА — заместителя наркома обороны армейского комиссара 1 ранга П.А. Смирнова. Тот взялся за дело рьяно, но быстро перегнул палку. Смирнов принялся не столько организовывать наркомат, сколько выкорчевывать флот от заговорщиков и просто от неугодных лиц. Именно П.А. Смирнов дал "добро" на аресты командующих Северным флотом З.А. Закупнева и К.И. Душенова, члена военного совета П.П. Байрачного, командующего Тихоокеанским флотом Т.П. Киреева и члена военного совета Г.С. Окунева, бывшего начальника Морских сил РККА флагмана флота 1 ранга М.В. Викторова и многих других. Но продержался Смирнов недолго, в конце 1938 года он был арестован и расстрелян. Сменивший его чекист М.П. Фриновский пробыл в должности наркома ВМФ еще меньше, чем его предшественник. Вскоре его постигла та же судьба. И только после этого Сталин назначил на пост наркома ВМФ молодого и талантливого Н.Т. Кузнецова, которого сам нашел среди перспективных молодых флотских командиров.
Однако вернемся к Дыбенко. Назначение Смирнова на столь вожделенную им должность наркома ВМФ стало для Павла Ефимовича двойным ударом. Во-первых, потому что теперь ему пришлось навсегда расстаться со своей вожделенной мечтой. А во-вторых, потому, что на должность наркома был назначен именно Смирнов, с которым у Дыбенко были свои давние личные счеты.
Уже находясь под арестом, Дыбенко неожиданно требует себе бумагу и ручку и начинает строчить донос на ненавистного ему П.А. Смирнова. Он пишет следующее: "6 мая 1937 года в штаб Ленинградского военного округа вместе с членом Военсовета Смирновым П.А, (Смирнов отправился на квартиру) я заслушал доклады начальника штаба Федотова, начальника финансового отделения ЛВО Уюкина, начальника строительного отдела Савонянкина и начальника саперного отдела. В своих докладах вышеуказанные лица указали на вредительство в округе.
1. Оценка боеподготовки за 1936 год представленная Наркому Ворошилову за подписями Шапошникова и Смирнова П.А. преувеличенная очковтирательская, особенно по огневой подготовке стрелковых частей, танковых частей, артиллерии. Система очковтирательства в боевой подготовке командования округа поощрялась, причем наградами и поощрениями.
2. мобилизационный и неприкасаемый запасы в частях, особенно в 70-й и 90-й дивизиях, в 25-й и 30-й кавалерийских дивизиях находился в жутком состоянии. К обуви на 75 % набиты моротки, что приводит обувь в негодность. Обмундирование сгруппировано без учета ростовок не разложено по подразделениям, поедено молью и храниться в сырых помещениях, покрылась плесенью. Обоз хранится открыто без навесов, значительное количество сгнило и небпригодно для использования. Артиллерийская амуниция не скомплектована и не развешана по подразделениям.