Барту была уготована не менее трагическая судьба. Он встретил окончание войны в американском плену. По сведениям англо-американских союзников, Барт сообщил им, что участвовал в радиоигре германской контрразведки с англичанами. Радист был передан советской стороне по ее просьбе и доставлен на Лубянку. Выяснилось, что Барт провалился потому, что его искали. Из трофейного немецкого документа, захваченного Красной Армией после его вылета на задание, явствовало, что пропавших без вести и дезертиров брали на учет и включали в списки, направляемые в Берлин и в вермахт, чтобы контролировать их возможное появление на фронте или по месту жительства. Нарушив инструкцию, Барт явился к жене, которая была предусмотрительно помещена гестапо в госпиталь, и тут его задержала германская контрразведка.
Во время допроса он признался в том, что рассказал немцам после его захвата о своей связи с советской разведкой и сообщил гестапо все данные о Хесслере. На основании этих показаний Роберт Барт Особым совещанием при НКВД СССР был признан виновным в измене, приговорен к высшей мере наказания и расстрелян.
Кольцо поиска германской контрразведки все туже затягивалось вокруг «Красной капеллы». В отделе дешифрования накопились сотни метров с записями «концертов» невидимых «пианистов». Прошел год с того дня, когда записали первый радиосигнал и пленки чуть было не сожгли, но спохватились и принялись работать еще более настойчиво над их расшифрованием.
Было ясно, что необходимо схватить вначале хотя бы одного «пианиста», но его след в Берлине найти было нелегко. Гестаповцам помог установленный на машине мобильный пеленгатор, который и привел «охотников» к искомой цели далеко от Берлина, в пригороде Брюсселя. Гестапо располагало и другими оперативными данными, сопоставление которых, вместе взятых, и привело к выходу на Шульце-Бойзена. Дешифровка пленок с радиосигналами и сведения, выбитые гестаповцами из Барта после его ареста, — а это примерно совпало по времени, — были кульминацией в анализе накопленных гестапо сведений о деятельности «Красной капеллы». И вслед за арестом Харро Шульце-Бойзена началась ее ликвидация.
Уже с середины 1942 года гестапо установило слежку за Харро Шульце-Бойзеном и начало прослушивание его телефона, организовало сбор данных о связанных с ним лицах. Контрразведка рассчитывала получить дополнительные улики и выявить всех участников Сопротивления. Но этот план зондеркоманды «Роте капелле» неожиданно был сорван Хорстом Хайльманом, сотрудником службы радиоперехвата. Молодой человек буквально боготворил Харро Шульце-Бойзена, под его влиянием отошел от нацистских взглядов и готов был помогать в борьбе против фашистов за будущую демократическую Германию. Хайльман сообщил Шульце-Бойзену, что на службе заведено многотомное дело «Роте капелле» и дешифровальщики долго бились над тем, чтобы установить, кто скрывался под псевдонимами, и, кажется, им это удалось сделать…
31 августа 1942 года в служебном кабинете в министерстве авиации Шульце-Бойзен был арестован, а за его рабочий стол посадили гестаповца, отвечавшего на телефонные звонки и спрашивавшего, кто звонил и что намеревался сообщить обер-лейтенанту. Гестапо хотело как можно дольше сохранить в секрете арест антифашиста. Но Хайльман, удивленный появлением в кабинете своего друга неизвестного лица, догадался, что стоит за этим, и предупредил жену Шульце-Бойзена о беде и необходимости срочно скрыться. Он спрятал личные бумаги и кое-что из бумаг своего арестованного друга. Но на большее у Хайльмана не осталось времени. 5 сентября он явился на службу и был арестован. Массовые аресты гестапо произвело в середине сентября.
В конце сентября 1942 года число арестованных только в Берлине составило около семидесяти человек, в конце ноября — уже больше сотни.
По распоряжению руководства РСХА делу «Красной капеллы» был придан один из высших грифов секретности — «Секретное дело командования»: то, что группа немецких патриотов выступила против нацистского режима, мог знать лишь до предела ограниченный круг людей.
Допросы арестованных следователи проводили в особом режиме, руководствуясь директивой рейха от 12 июня 1942 года «О более жестоком ведении допросов» в отношении коммунистов, марксистов, священников, саботажников, террористов, членов движения Сопротивления, забрасываемых парашютистов, бродяг, а также лиц советской и польской национальностей. Безжалостное избиение, любые пытки при этом считались допустимыми.
Харро Шульце-Бойзен, как и другие антифашисты, мужественно вел себя в застенках гестапо. По утрам он делал физзарядку, чем выводил из себя его мучителей…