Так совершилось вопиющая несправедливость против того, кто верой и правдой служил стране долгие годы.
Павел Анатольевич вспоминал:
«Силы оставили меня. Я не мог выйти из состояния шока, почувствовал, что вот-вот упаду в обморок, и вынужден был присесть. Вскоре я уже был во внутренней тюрьме Лубянки. У меня началась страшная головная боль, и надзиратель даже дал мне таблетку. Я еще не пришел в себя когда меня отвели в кабинет Серова, бывшее владение Берии.
Мрачно взглянув на меня Серов предложил сесть.
— Слушайте внимательно. У вас еще будет много времени, чтобы обдумать свое положение. Вас отправят во Владимирскую тюрьму. И если там вы вспомните о каких-нибудь подозрительных действиях или преступных приказах Молотова и Маленкова, связанных с теми или иными делами внутри страны или за рубежом, сообщите мне, но не упоминайте Никиту Сергеевича. И если, — заключил он, — вы вспомните то, о чем я вам сказал, вы останетесь живы, и мы вас амнистируем.
Несмотря на страшную головную боль, я кивнул, выражая согласие. Больше я никогда его не видел.»
Весь срок Павел Анатольевич Судоплатов просидел «от звонка до звонка». В тюрьме он перенес три инфаркта, ослеп на один глаз, получил инвалидность 2-й группы. И все эти годы шла борьба за его освобождение.
Через полгода нахождения во Владимирской тюрьме Павел Анатольевич Судоплатов начал закидывать в Верховный суд СССР и прокуратуру прошения о пересмотре своего дела. На все свои многочисленные прошения он получил всего один ответ, подписанный Смирновым, заместителем председателя Верховного суда, который гласил, что оснований для пересмотра дел нет. На очередные сорок прошений, отправленные по тем же адресам, ответа он не получил. Сокамерники, особенно бывший заместитель Наум Эйтингон, арестованный одновременно с Судоплатовым по тем же обвинениям и приговоренный к 12 годам лишения свободы, смеялись над его наивностью. «Законы и борьба за власть, — сказал ему Эйтингон — несовместимы.
Боролись за освобождение Судоплатова его друзья-чекисты — Рыбкина, Абель, Волков, Орлов и другие, и, конечно же, жена — Эмма Карловна.
Однако на все их ходатайства в высокие инстанции ответ был отрицательный.
Когда в октябре 1964 года Никиту Хрущева отстранили от власти, появилась надежда на пересмотр дела и у Судоплатова. К 20-летию Победы группа чекистов подписала письмо в его защиту. В письме приводились факты, свидетельствующие о невиновности Павла Анатольевича и, наоборот, показывающие, что дело от начала до конца сфальсифицировано. Бумага легла на стол Брежневу, новому кремлевскому лидеру. «Не суйтесь не в свои дела», — такую резолюцию начертал Леонид Ильич на бумаге чекистов.
В свою очередь Эмма Карловна обратилась в Президиум Верховного Совета Союза ССР: