Попов со своим отрядом перешел к красным. Именно ему поручили охранять Смольный, перевозить Советское правительство в Москву и разгонять в Москве гнезда анархистов и бандитов. Попов и его отряд оказались в центре загадочного левоэсеровского мятежа 6 июля 1918 года, в ходе которого в расположении отряда были арестованы Дзержинский и Лацис. После подавления мятежа зампред ВЧК Александрович, которому был подчинен отряд, был расстрелян, а бежавшего из Москвы Попова заочно приговорили к расстрелу.
Но к августу 1918 года советские руководители узнали, что на Северном Дону за Советскую власть сражается отряд красных казаков. Командует им бывший хорунжий, бывший начальник Особого отряда, член коллегии ВЧК Александр Попов. Забыв прежние обиды, Дзержинский тогда же назначает Попова уполномоченным ВЧК по Тамбовской губернии и прифронтовой полосе.
В 1920-е годы он в Москве встречался с Калининым и Сталиным. Именно тогда-то Попов и попал в личную картотеку Сталина с пометкой «Навсегда свой…». Встречался он и с писателем Серафимовичем. Даже жил у него.
Летом 1923 года, гостя в Ясеневке, Попов узнает, что его сводный брат Михаил погиб и что у матери Михаила, бывшей няни Александра, остались документы погибшего сына. Договориться с ней не составило труда… Чекист Александр Попов бесследно исчезает с исторической арены, а вместо него появляется писатель Михаил Шолохов родом из донских казаков…
Интересную информацию автор почерпнул из книги Анатолия Безуглова «Разговоры со Сталиным», где он описывает встречу с Шолоховым, организованную писателем Виталием Закруткиным.