По приказу Гиммлера в марте 1944 года Эйхман возглавил зондеркоманду, занимающуюся отправкой из Будапешта в Освенцим транспорта с венгерскими евреями. В августе того же года он отчитался перед своим шефом об уничтожении только его «хозяйством» около 4 миллионов евреев.
После взятия рейхстага Советской армией эсэсовцы сбились в стаю под названием «Вервольф» для организации партизанского движения в борьбе против союзников. В одну из таких групп, отправившихся в Альпы сражаться до последнего, отправился и Эйхман. Однако офицеры, узнав о характере его службы, прогнали палача из своих рядов. Он скитался по горным селениям, лесам и долинам, пока не наткнулся на американцев, которым представился военнослужащим 22-й добровольческой кавалерийской дивизии СС. Однако, боясь быть разоблаченным, бежал из заключения.
Воспользовавшись «крысиной тропой», с помощью монахов-францисканцев он сумел получить для себя аргентинский паспорт на имя Рикардо Клемента и в 1950 году переехал в Латинскую Америку.
Он не только хорошо устроился, поступив на работу конторским служащим местного отделения фирмы «Мерседес-Бенц», но и сумел приехать в 1952 году в Европу, жениться под новым именем на своей собственной жене и вывезти в Буэнос-Айрес всю свою семью. Он так и проработал бы до пенсии или до конца своих дней бухгалтером, как его отец, но случилось то, что случилось.
В 1958 году дочь слепого еврея Лотара Германа познакомилась с молодым человеком по имени Николас. Им оказался старший сын Адольфа Эйхмана — Клаус, 1936 года рождения. Будучи сильно влюбленным, он открыл ей правду о своем отце.
Герман тут же сообщил через своего друга информацию на Эйхмана в посольство Израиля. Таким образом, данные на него попали в руки израильской разведки МОССАД. Операцию по поимке Эйхмана возглавил лично директор МОССАД Иссер Харель. 11 мая 1960 года нацист был схвачен группой израильских агентов и вывезен в Израиль под видом заболевшего члена экипажа самолета «Эль-Аль». Эйхману был сделан укол транквилизатора.
Вот как вспоминал о похищении отца Николас Эйхман:
А в это время Эйхман был передан полиции. На заседании Кнессета 22 мая премьер-министр Израиля Давид Бен-Гурион сделал объявление:
В ночь с 31 мая на 1 июня 1962 года в тюрьме города Рамла Эйхман был повешен. Его последнее слово перед казнью было таким: