Тогда оба патриарха, поднявшись с своих мест, от имени всех четырех Восточных патриархов и всего освященного Собора сказали Никону: «Ныне тебя, Никона, бывшаго патриарха, по правилам св. апостол и св. отец извержем, и отселе не будеши патриарх, и священная да не действуеши, но будеши, яко простой монах». И сказали ему главные вины его: а) ты патриаршеского престола отрекся с клятвою и отошел без всякой правильной вины, сердитуя на великого государя; б) ты писал ко Вселенскому Константинопольскому патриарху Дионисию, что на Руси престало соединение с св. Восточною Церковию, и от благословения святейших Вселенских патриархов отлучились, и приложились к Западному Костелу, и тем ты, Никон, святую православную (Русскую) Церковь обругал, и благочестивого государя царя и великого князя Алексея Михайловича, всея Великия, и Малыя, и Белыя России самодержца, и весь священный Собор, и всех православных христиан обесчестил, и назвал всех еретиками; в) ты же, Никон, и нас, истинных православных патриархов, бесчестил, называл не патриархами и правила соборные Церкви называл ложными, и враками, и будто еретики их печатали; г) да ты же, Никон, Коломенского епископа Павла без Собора, вопреки правил изверг, и обругал, и сослал в ссылку, и там его мучил, и он пропал безвестно – и то тебе извержение вменится в убийство».
Сказав Никону вины его, патриархи, замечает современная запись, «велели ему идти на подворье и быть там до указу. А как святейшие патриархи кир Паисий и кир Макарий бывшего патриарха судили, в то время великий государь стоял у своего государева места».
Приговор, произнесенный теперь над Никоном, был только словесный и указывал лишь главные вины его. Необходимо было, чтобы приговор был изложен в письмени, с возможною полнотою определял виновность Никона и подписан был всеми членами Собора. И патриархи еще пред выходом из последнего заседания дали приказ написать соборный приговор этот на двух языках, греческом и русском. Спустя два дня, именно 8 декабря, патриархи, как замечено в современной записи, сидели у государя три часа наедине. О чем совещались они, неизвестно. Но вечером того же числа, точнее, ночью под 9 декабря, Павел, митрополит Крутицкий, с доклада великого государя писал архимандриту рождественскому Филарету да дьяку Авраму Кащееву следующее: «Ведомо учинилось святейшим патриархам и всему освященному Собору, что Никон, бывший патриарх, находясь в монастырях Воскресенском, Иверском и Крестном, чинил градское наказание старцам тех монастырей, службникам, крестьянам и сторонним людям, приказывал бить их кнутьем, ломать им руки и ноги, а иных пытать и казнить казнями градскими, так что иные, пытанные и казненные, и померли. И вам бы розыскать накрепко тихим обычаем, чтоб нешумно было, кому именно из старцев и других людей в тех монастырях Никон чинил градское наказание, кого бил кнутом, у кого ломал руки и ноги, кого пытал и казнил градскими казнями, где ныне те люди и не умер ли кто из них, да и разыскать бы про все тихим образом и подлинно». Архимандрит Филарет и дьяк Кащеев отправились в Воскресенский монастырь, и скоро прислан был оттуда в Москву один из старцев, испытавших на себе тяжелую руку Никона, и представлен патриархам и всем архиереям. Это был духовник Никона старец Леонид, уже расслабленный и с избитыми ногами, около двух лет содержавшийся по приказанию Никона в сырой тюрьме под стражею, в тяжелых оковах и терпевший истязания. Он трогательно рассказывал, как и за что подвергнут был таким страданиям, и все не без слез внимали его рассказу. Это обстоятельство послужило новым обвинением против Никона, которое и внесли в составлявшийся тогда письменный о нем приговор.